| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 36113 = | NA (NA) | 7 (0.080) | 4/146 | NT | NA | coding (439/675 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 36164 = | NA (NA) | coding (388/675 nt) | USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein | |||||
GCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAGTAATT‑‑A‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/36209‑36113‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtaatt‑‑aCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTA > USA300TCH1516_ALE/36164‑36253 GCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAG < 1:1012666/91‑1GCGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAG > 1:21118/1‑91 CGTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAGT > 1:132483/1‑91 GTTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAGTA > 1:2584370/1‑91 TTTATCAAACGTCTCATTAAACAATTTGGTAAACCTCAAAAGGTAATTACAGATCAGGCACCTTCAACGAAGGTAGCAATGGCTAAAGTAA > 1:385408/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |