| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1893332 | 24 (0.240) | 39 (0.420) | 8/150 | NT | 63.4% | intergenic (‑193/+154) | USA300TCH1516_01750/ytpA | hypothetical protein/Phospholipase YtpA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1910766 = | NA (NA) | intergenic (+299/‑256) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGATATT > USA300TCH1516_ALE/1893242‑1893422 | ggAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 1:3356844‑M1/1‑91 (MQ=255)ggAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 1:1725826‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCa > 1:3611019/1‑91 (MQ=40) gAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCa > 1:2601130/1‑91 (MQ=40) gAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCa > 1:2600965/1‑91 (MQ=40) aaaaaTGTCTTTTTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg < 1:1229006/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg < 1:1132523/91‑1 (MQ=39) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg > 1:1183354/1‑91 (MQ=39) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg > 1:586780/1‑91 (MQ=39) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg < 1:3786251/91‑1 (MQ=39) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg > 1:3807048/1‑91 (MQ=39) aaaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAg > 1:3807049/1‑91 (MQ=39) aaaaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGt > 1:681722/1‑91 (MQ=38) aaTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCg < 1:1563204/91‑1 (MQ=35) aTGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGa < 1:257192/91‑1 (MQ=33) tCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCTAGTCGAAGa > 1:3722832/1‑91 (MQ=21) tCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGa < 1:3925948/91‑1 (MQ=33) cTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc > 1:2960118/1‑91 (MQ=34) cTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 1:3721190/91‑1 (MQ=33) cTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 1:1218165/91‑1 (MQ=33) cTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 1:1218153/91‑1 (MQ=33) cTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 1:1217292/91‑1 (MQ=34) ttATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctc < 1:1822040‑M1/91‑12 (MQ=255) ttATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAcc > 1:2936048/1‑91 (MQ=34) ttATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAcc > 1:69862/1‑91 (MQ=34) ttATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAcc > 1:69797/1‑91 (MQ=34) ttATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAcc > 1:70518/1‑91 (MQ=33) ttttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAg < 1:2485757/91‑1 (MQ=34) ttttttAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtc < 1:4034836‑M1/91‑16 (MQ=255) ttttttAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtc < 1:2145866‑M1/91‑16 (MQ=255) ttttttAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtc < 1:389472‑M1/91‑16 (MQ=255) ttttttAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtc < 1:389159‑M1/91‑16 (MQ=255) tttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAgg > 1:766821/1‑91 (MQ=34) tttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAgg < 1:2506886/91‑1 (MQ=34) tttttAAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtc < 1:705531‑M1/91‑16 (MQ=255) ttttTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtct < 1:2171163‑M1/91‑17 (MQ=255) ttttTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtct < 1:1701663‑M1/91‑17 (MQ=255) ttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtct < 1:554970‑M1/91‑17 (MQ=255) ttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGc < 1:1099176/91‑1 (MQ=33) ttttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGc < 1:1099251/91‑1 (MQ=34) ttttaaagtatGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtctt < 1:4114404‑M1/87‑18 (MQ=255) ttttaaagtatGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtctt < 1:3579184‑M1/87‑18 (MQ=255) ttttAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtctt < 1:36546‑M1/91‑18 (MQ=255) ttttAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtctt < 1:500506‑M1/91‑18 (MQ=255) tttaaaagtatTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtctt < 1:3694527‑M1/87‑18 (MQ=255) tttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCt < 1:1452842/91‑1 (MQ=34) tttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCt < 1:1451899/91‑1 (MQ=34) tttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCt < 1:1451976/91‑1 (MQ=34) tttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCt < 1:2513013/91‑1 (MQ=34) ttttaagtatTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtcttc < 1:2923015‑M1/87‑19 (MQ=255) ttttaagtatTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtcttc < 1:1254664‑M1/87‑19 (MQ=255) ttttaagtatTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtcttc < 1:1254922‑M1/87‑19 (MQ=255) tttaaagtaTTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:3977633‑M1/88‑19 (MQ=255) tttaaagtaTTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:3365676‑M1/88‑19 (MQ=255) tttaaagtaTGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:2573755‑M1/88‑19 (MQ=255) tttaaagtaTGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCagtctcagcctcggtctt < 1:4026631‑M1/88‑19 (MQ=255) ttaaaagtaTGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:2665859‑M1/88‑19 (MQ=255) ttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:3050050‑M1/91‑19 (MQ=255) ttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:107300‑M1/91‑19 (MQ=255) ttCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTg < 1:1452090/91‑1 (MQ=33) ttCAAAGTAATTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagcctcggtcttc < 1:3962875‑M1/91‑19 (MQ=255) tttaagtaTTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCgtctcagccttggtcttcg < 1:2576466‑M1/88‑20 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |