| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 1668 = | 288 (0.820) | 17 (0.050) | 7/160 | NT | 5.0% | intergenic (+453/‑403) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 1685 = | 356 (1.020) | intergenic (+470/‑386) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 607 total aligned reads displayed.
TTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAG > CP000731/1578‑1758 | ttGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGT < 1:2592200‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTC < 1:458918‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTC < 1:1330034‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTC < 1:1278417‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCT < 1:3472757‑M1/91‑1 (MQ=255) tgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTG > 1:1723492‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGC > 1:3197347‑M1/1‑91 (MQ=255) aCAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGC < 1:3650222‑M1/91‑1 (MQ=255) cAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGcc > 1:2739079/1‑91 (MQ=255) cAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGcc < 1:1705761/91‑1 (MQ=255) aaaTGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCaa < 1:1159060‑M1/91‑3 (MQ=255) tGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCaaggc < 1:1410548‑M1/91‑6 (MQ=255) tGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCaaggc < 1:2779759‑M1/91‑6 (MQ=255) aaaaacttagaaattttaatttaactctaaaatctccgtaagagcataagggaaatttgctatcattcaaaaatgatagATCTGGCCTTGc > 1:774032‑M1/80‑91 (MQ=255) aaaaacttagaaattttaatttaactctaaaatctccgtaagagcataagggaaatttgctatcattcaaaaatgatagATCTGGCCTTGc > 1:4013793‑M1/80‑91 (MQ=255) gCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGcc > 1:3546827/1‑91 (MQ=255) cTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCa > 1:202531/1‑91 (MQ=255) cTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCa > 1:2884969/1‑91 (MQ=255) aTGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC < 1:2469802‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:2364744‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:944184‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3515085‑M1/91‑1 (MQ=255) tGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3092373‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTA > 1:1623394‑M1/1‑91 (MQ=255) gaaattttaatttaactctaaaatctccgtaagagcataagggaaatttgctatcattcaaaaatgatagATCTGGCCTTGCCAGATCTAt > 1:3147213‑M1/71‑91 (MQ=255) aGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:1810223‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgtCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCA > 1:3270321‑M1/1‑91 (MQ=255) gtCACAAAAGTGTGACACTACAGGTTTGTATGGTATGACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCGTGCCAGATCTATCATT < 1:2522427‑M1/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCAttt > 1:2441321/1‑91 (MQ=255) acaAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCAttttt > 1:524626/1‑91 (MQ=255) cttttgtgacacTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaa < 1:2249062‑M2/87‑3 (MQ=255) aaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaa < 1:4116842‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCACTTTTGaa < 1:2083470‑M2/91‑3 (MQ=255) ttttgtgacaCTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaat < 1:3817682‑M2/88‑4 (MQ=255) aaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaat < 1:697035‑M1/91‑8 (MQ=255) aaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaat < 1:1223046‑M1/91‑8 (MQ=255) aaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaat < 1:1654159‑M1/91‑8 (MQ=255) aGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatg < 1:1113734‑M2/91‑5 (MQ=255) ttgtgaCACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatga < 1:1519063‑M2/90‑6 (MQ=255) gtgtGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaatga < 1:4055308‑M1/91‑10 (MQ=255) gtgtGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatga < 1:1187160‑M2/91‑6 (MQ=255) gtgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatgata > 1:838772‑M2/1‑84 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTcaaaaatgatag < 1:3899216‑M1/91‑13 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatgatag < 1:3072608‑M2/91‑9 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatgatag > 1:1248869‑M2/1‑83 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACACTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGaatgatag < 1:215848‑M2/91‑9 (MQ=255) gACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:2624694/91‑1 (MQ=255) gACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:585444/1‑91 (MQ=255) gACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:147735/1‑91 (MQ=255) acacTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:3016895/1‑91 (MQ=255) cTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAt < 1:3371001/91‑1 (MQ=255) cTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAt < 1:231202/91‑1 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCt > 1:3991579/1‑91 (MQ=255) tttGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCtt > 1:1890112/1‑91 (MQ=255) 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aCTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTCTCATTTTTGAATGCTAGCAAATTTCCCATATGCTCTTACGGAGATTTAAGAGt > 1:3853372/1‑91 (MQ=21) aCTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGt > 1:294858/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGt > 1:880485/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGt < 1:2036442/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGt > 1:3936746/1‑91 (MQ=255) cTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGtt > 1:624851/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGtta > 1:4099666/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGtta > 1:1589652/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |