| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 331 (0.940) | 42 (0.140) | 13/138 | NT | 12.0% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 331 (1.090) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 610 total aligned reads displayed.
ATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAT > CP000731/7582‑7762 | tCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGc < 1:2461364/91‑1 (MQ=255) cGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCa < 1:4007922/91‑1 (MQ=255) cGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCa > 1:1503126/1‑91 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAAGGCACtt < 1:3228347/91‑1 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:608480/1‑91 (MQ=255) cAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACttt < 1:282079/91‑1 (MQ=255) cAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACttt < 1:190449/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTaa > 1:184587/1‑91 (MQ=255) aaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAg > 1:2333362/1‑91 (MQ=255) aaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAg < 1:1644678/91‑1 (MQ=255) aCTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgc < 1:3462875‑M1/91‑18 (MQ=255) aCTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc < 1:1030255‑M2/91‑2 (MQ=255) aCTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc > 1:435761‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 1:1246125‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 1:2201278‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAACAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt < 1:2011214‑M2/91‑4 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:3812160‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:3350671‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:2661433‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:1784364‑M1/91‑21 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttg < 1:3066509‑M2/91‑6 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgc < 1:467581‑M1/91‑23 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:727914‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:2689693‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:4117464‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctt > 1:1227919‑M2/1‑83 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 1:3395811‑M2/1‑81 (MQ=255) tGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttt > 1:303608‑M2/1‑80 (MQ=255) tATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGa < 1:3492291/91‑1 (MQ=255) tATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGa > 1:1000998/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 1:755226/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 1:2910208/91‑1 (MQ=255) tGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCGCGTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtg > 1:3318790/1‑91 (MQ=255) gTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtga > 1:2125334/1‑91 (MQ=255) gTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtga > 1:3157015/1‑91 (MQ=255) cACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatg < 1:2944756/91‑1 (MQ=255) tttGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAac > 1:677800/1‑91 (MQ=255) tGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAacac > 1:1612234/1‑91 (MQ=255) 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atatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAtt < 1:3287698/91‑1 (MQ=255) atatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAtt < 1:1402348/91‑1 (MQ=255) tGAGAATTATTTGACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaaa > 1:3180947/1‑91 (MQ=255) tGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaaa > 1:563688/1‑91 (MQ=255) gagaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAAc > 1:3721953/1‑91 (MQ=255) ttattTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTCATGAACACCTATAATTAAACTATTc > 1:3879432/1‑91 (MQ=255) tattTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCa > 1:2259176/1‑91 (MQ=255) attTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCAt < 1:3732018/91‑1 (MQ=255) 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agaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttt < 1:779133/91‑1 (MQ=255) gaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttttt > 1:378785/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 1:689618‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 1:499362‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattt > 1:336928‑M1/1‑8 (MQ=255) aaGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtat < 1:3214650/91‑1 (MQ=255) aGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcattataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcatttta > 1:1712862‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtata < 1:1807893/91‑1 (MQ=255) 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cGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaag > 1:2636318‑M1/1‑2 (MQ=255) cGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa < 1:1864262/91‑1 (MQ=255) gtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaagt > 1:2983541‑M1/1‑1 (MQ=255) gtatcttatttaaagtgcattgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaagt < 1:1064925‑M1/91‑91 (MQ=255) gCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaagt < 1:2948730‑M2/91‑75 (MQ=255) gCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAat > 1:1479896/1‑91 (MQ=255) | ATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAT > CP000731/7582‑7762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |