New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1355723 | 90 (0.920) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 7.3% | intergenic (+13/+41) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1355749 | 74 (0.870) | intergenic (+39/+15) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/1355659‑1355838 | gagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTAc > 1:1578713‑M1/55‑91 (MQ=255) agttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACg > 1:1795142‑M1/54‑91 (MQ=255) tAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACga > 1:468947‑M2/1‑89 (MQ=255) aGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaa > 1:491764‑M2/1‑88 (MQ=255) ggTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaat > 1:1028170‑M2/1‑87 (MQ=255) ggTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGGTACgaat < 1:2075621‑M2/91‑5 (MQ=255) gTGAGCGACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgtatt < 1:3221210‑M2/91‑6 (MQ=255) gTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaatt > 1:2532512‑M2/1‑86 (MQ=255) gctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGc > 1:1750222‑M1/48‑91 (MQ=255) ctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCt > 1:2979484‑M1/47‑91 (MQ=255) ctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCt > 1:3355651‑M1/47‑91 (MQ=255) aGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaattgct > 1:196564‑M2/1‑83 (MQ=255) cGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat > 1:1213589/1‑91 (MQ=255) cGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat < 1:1279092/91‑1 (MQ=255) 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ggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 1:2309281‑M1/38‑91 (MQ=255) ggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 1:2309395‑M1/38‑91 (MQ=255) gATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGtttt > 1:1089816/1‑91 (MQ=255) aTGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttttt < 1:4063850/91‑1 (MQ=255) tGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTa > 1:1991745/1‑91 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTAt > 1:1340395/1‑91 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTAt > 1:1340215/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGAGTACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATca > 1:2093611/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATca < 1:309110/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac < 1:2535969/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca < 1:1478530/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca < 1:2030962/91‑1 (MQ=255) agagAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACaa > 1:899838/1‑91 (MQ=255) ttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAg > 1:3049036‑M1/22‑91 (MQ=255) gaACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtt < 1:1030388/91‑1 (MQ=255) gaACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtt < 1:3076166/91‑1 (MQ=255) aaCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttt > 1:2746143/1‑91 (MQ=255) aCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtttt < 1:2005766/91‑1 (MQ=255) aCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtttt < 1:67442/91‑1 (MQ=255) ataaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTa < 1:2689976/91‑1 (MQ=255) ataaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTa < 1:1560571/91‑1 (MQ=255) taaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTaa > 1:2961441/1‑91 (MQ=255) taaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTaa > 1:1935107/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt > 1:2217408/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt > 1:2217527/1‑91 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2461257/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:348570/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:348524/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2979490/91‑1 (MQ=255) ataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaattgctttttcttaattatttattgttctctggattgcatcc < 1:2652836‑M2/91‑45 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:2259451/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:3417258/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:3155471/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:2332734/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:843435/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:2437285/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaattgctttttcttaattatttattgttctctggattgcatccttaatacgt < 1:1066625‑M2/91‑54 (MQ=255) aaaaaGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTg < 1:2903084/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGAt > 1:2534189‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGAt > 1:2533954‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGGAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa > 1:3729925‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa > 1:2810975‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg < 1:173520‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 1:896581‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 1:3708546‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 1:3335371‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 1:3052617‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc < 1:109988‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaa > 1:1024820‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACgaattgctttttcttaattatttattgttctctggattgcatccttaatacgttgctcacc < 1:856584‑M2/91‑62 (MQ=255) TCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAAc > 1:1683662‑M1/1‑91 (MQ=255) TCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAAc > 1:1559952‑M1/1‑91 (MQ=255) aTAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTc < 1:1888530/91‑1 (MQ=255) aTAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTc > 1:116569/1‑91 (MQ=255) tAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCa < 1:1158746/91‑1 (MQ=255) tAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCa < 1:703400/91‑1 (MQ=255) 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aCATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATAc < 1:856401/91‑1 (MQ=255) cATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCTCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACa > 1:3544647/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAg < 1:432925/91‑1 (MQ=255) aTGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAg < 1:1688200/91‑1 (MQ=255) gtTACGAAGTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCttt < 1:2697673/91‑1 (MQ=255) aCGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTc > 1:1031524/1‑91 (MQ=255) | AGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTC > USA300TCH1516_ALE/1355659‑1355838 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |