| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 16918 = | NA (NA) | 8 (0.020) | 3/150 | NT | 100% | coding (144/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 16924 = | 0 (0.000) | coding (138/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
ATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCT > CP000731/16834‑17014 | ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:647305‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:4116434‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:4077305‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc > 1:1488960‑M2/91‑91 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:3201339‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:3112540‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:3002399‑M2/1‑1 (MQ=255)ggctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacc < 1:2988308‑M2/1‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattgagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2779040‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2154856‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:731919‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2473224‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2679520‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2679595‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:2692411‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:3368757‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:3597639‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:731201‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:1240847‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg > 1:1937708‑M2/90‑91 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:1240694‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCg < 1:1240115‑M2/2‑1 (MQ=255) gctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatcgacCg > 1:3455379‑M2/90‑91 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcgacgatctacCGt < 1:3201043‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:2606800‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:2606986‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:2634487‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:476684‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:2374205‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:3720388‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:10496‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:1029392‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:1830349‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:2121704‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatgcattgagcgatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:3845750‑M2/3‑1 (MQ=255) ctactatctaagatatacattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt < 1:700928‑M2/3‑1 (MQ=255) ctacaatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGt > 1:3275898‑M2/89‑91 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGtt > 1:21601‑M2/88‑91 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGtt > 1:2050063‑M2/88‑91 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGtt > 1:3397550‑M2/88‑91 (MQ=255) tactatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGtt < 1:3949821‑M2/4‑1 (MQ=255) actatcttagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg < 1:2071850‑M2/5‑1 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:3147472‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:245642‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:649244‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:613856‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:456972‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:3669065‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:3147455‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:1627214‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg < 1:3216383‑M2/5‑1 (MQ=255) actatctaagatatgcattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggtgtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:1639092‑M2/87‑91 (MQ=255) actatctaagatatgaattgagctatcgtgatatatctgaaatattaagagaacgtggagtaaacgttcatcattcaacgatctacCGTTg > 1:3535273‑M2/87‑91 (MQ=255) aacgatctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGAtagta > 1:2101991‑M2/11‑91 (MQ=255) aacgatctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGAtagta > 1:475462‑M2/11‑91 (MQ=255) gatctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGcc > 1:1277242‑M2/8‑91 (MQ=255) gatctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGcc > 1:509607‑M2/8‑91 (MQ=255) atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 1:2867134‑M2/7‑91 (MQ=255) atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 1:1552086‑M2/7‑91 (MQ=255) atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 1:1078814‑M2/7‑91 (MQ=255) atctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCa > 1:3485693‑M2/7‑91 (MQ=255) tctacCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCaa > 1:1953023‑M2/6‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |