| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 17008 = | NA (NA) | 27 (0.080) | 14/148 | NT | 100% | coding (54/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 17011 = | 0 (0.000) | coding (51/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 | tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 1:2183529‑M2/91‑91 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:1215752‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 1:1528734‑M2/91‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg < 1:2594586‑M2/2‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg < 1:4019655‑M2/2‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 1:2512608‑M2/90‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg < 1:1173653‑M2/2‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 1:3962056‑M2/90‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 1:3815146‑M2/90‑91 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc < 1:1042092‑M2/3‑1 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc < 1:1458300‑M2/3‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacatggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:807259‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 1:38410‑M2/88‑91 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:1443065‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:2310079‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:113228‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:474042‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 1:702087‑M2/88‑91 (MQ=255) CGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCt < 1:3497575‑M2/91‑1 (MQ=255) CGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCt < 1:2956095‑M2/91‑1 (MQ=255) tactataaatttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:2421942‑M2/87‑91 (MQ=255) tactataaatttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:2421901‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:3745499‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:2568880‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:2550033‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:2787636‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:1006282‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:340648‑M2/87‑91 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaactaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 1:1499270‑M2/6‑1 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 1:3582364‑M2/86‑91 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgatGGCTAc > 1:2068978‑M2/86‑91 (MQ=255) TTGAATGATTAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAc < 1:3963527‑M2/91‑1 (MQ=255) TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAc < 1:1960116‑M2/91‑1 (MQ=255) TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAc < 1:3282760‑M2/91‑1 (MQ=255) TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTAc > 1:3984504‑M2/1‑91 (MQ=255) TTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCAAACGGCTAc > 1:3983994‑M2/1‑91 (MQ=255) TGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACa > 1:1988958‑M2/1‑91 (MQ=255) TGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACa > 1:3163888‑M2/1‑91 (MQ=255) TGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACa > 1:492457‑M2/1‑91 (MQ=255) TGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACa > 1:362202‑M2/1‑91 (MQ=255) GAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAg > 1:3034055‑M2/1‑91 (MQ=255) GAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAg < 1:2641970‑M2/91‑1 (MQ=255) GAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAg < 1:4047810‑M2/91‑1 (MQ=255) ataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGt < 1:3254969‑M2/9‑1 (MQ=255) ataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGt < 1:1105918‑M2/9‑1 (MQ=255) ataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGt < 1:4053775‑M2/9‑1 (MQ=255) tttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacgaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATaa < 1:3406496‑M2/14‑1 (MQ=255) ttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATAAc < 1:593910‑M2/15‑1 (MQ=255) aactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTg < 1:1704510‑M2/40‑1 (MQ=255) actatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGa < 1:3017713‑M2/41‑1 (MQ=255) tatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccaacGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGaaa < 1:902389‑M2/43‑1 (MQ=255) ctgtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGACATAGTTCATCCAGAAGACTTCTTTTTGTTAAAattata > 1:211198‑M2/12‑91 (MQ=255) ctgtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattata > 1:1918056‑M2/12‑91 (MQ=255) tgtagctgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAaattatac > 1:746249‑M2/11‑90 (MQ=255) agccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatattat > 1:121893‑M2/8‑91 (MQ=255) agccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTCAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatactat > 1:1802500‑M2/8‑91 (MQ=255) agccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTCAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatactat > 1:1081586‑M2/8‑91 (MQ=255) gccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAttatactata > 1:2737545‑M2/7‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 1:818275‑M2/6‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 1:3512440‑M2/6‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 1:1477277‑M2/6‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 1:1831151‑M2/6‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAACTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:3293915‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:382099‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:3883949‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:2538863‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:3449574‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:2586874‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:2123912‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:306860‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:3233151‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:1685357‑M2/5‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:1405767‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:4010178‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:537550‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:1898683‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:3181011‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:1411586‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:3693864‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:3673771‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGATTACATCTGAAACAGTTCATACAGACGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:3316054‑M2/4‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAACATTATATTATAAAtt > 1:1380402‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:845247‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:4103991‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:2997123‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3248277‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:2937819‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:2752127‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:1576443‑M2/3‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:3257463‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:533961‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:235451‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:1434880‑M2/2‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:3902800‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1878180‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1743859‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1743010‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:901524‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:1289983‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:963603‑M2/1‑91 (MQ=255) | GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |