| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | A→T | 15.6% | intergenic (+28/‑362) | dnaN → / → USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 3,344 | 0 | A | T | 15.6% | 444.5 / 64.9 | 153 | intergenic (+28/‑362) | dnaN/USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/57); new base T (9/15); total (81/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3256‑3434 | tCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGatt < 1:765009/91‑1 (MQ=255)tCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAAGAAAGGATGACGTGatt < 1:4045334/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAACTATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaa < 1:2564556/91‑1 (MQ=38) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCATTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa < 1:3893561/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa < 1:3887272/91‑1 (MQ=255) aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaat < 1:718921/91‑2 (MQ=39) ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 1:2948540/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 1:3472283/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 1:4090141/1‑91 (MQ=255) cAATAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:3339518/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa < 1:3778989/91‑1 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa < 1:1110244/91‑1 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:2859233/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:2858243/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:1787021/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:3562972/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:4015243/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:3818300/91‑4 (MQ=38) aaaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AAc < 1:2163419/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAATTAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg < 1:810026/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 1:1437897/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 1:1384952/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 1:1384951/1‑91 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AGCGTCATcc < 1:1489727/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTGCCAATCAGAACTTGCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:3850384/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:2829013/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:2614677/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:2614354/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:1860699/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt > 1:1860720/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:2429279/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:2427505/91‑1 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt > 1:2305451/1‑91 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt < 1:1952003/91‑1 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 1:550069/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 1:549793/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 1:605212/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt < 1:2109473/91‑1 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTAttt > 1:1137036/1‑91 (MQ=21) ggTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttt > 1:1602184/1‑91 (MQ=255) gTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttttt > 1:4115934/1‑91 (MQ=255) gTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttttt < 1:1572821/91‑1 (MQ=255) aaCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTAtttatat < 1:449985/91‑5 (MQ=18) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 1:2415074/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 1:1730536/1‑91 (MQ=255) cGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGc > 1:708768/1‑91 (MQ=255) gCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCa < 1:3098405/91‑1 (MQ=255) gCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCa < 1:2098853/91‑1 (MQ=255) gCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCa > 1:2941065/1‑91 (MQ=255) aattaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaa < 1:2130931/91‑1 (MQ=255) aattaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaa < 1:2130949/91‑1 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaa > 1:275151/1‑91 (MQ=255) aattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaata < 1:1635856/91‑1 (MQ=255) aattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaata < 1:3917221/91‑1 (MQ=255) ttttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAaataat < 1:3989017/91‑1 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc < 1:2800055/91‑1 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa > 1:221879/1‑91 (MQ=255) aaTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGt > 1:1316094/1‑91 (MQ=255) aTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTg < 1:1750470/91‑1 (MQ=255) tCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGc > 1:1721488/1‑91 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCg < 1:2456794/91‑1 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGATGCg > 1:3458779/1‑91 (MQ=255) aGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGt > 1:2868891/1‑91 (MQ=255) aGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGt > 1:2253993/1‑91 (MQ=255) tACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa < 1:1763678/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa > 1:3013335/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa < 1:1263316/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa > 1:1568503/1‑91 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATGAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa < 1:3392231/91‑1 (MQ=255) tAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaat > 1:2377861/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCGTCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata < 1:3293953/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa < 1:80753/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa > 1:920985/1‑91 (MQ=255) taaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAttt < 1:3510915/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 1:1680079/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg > 1:1690092/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:3419621/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:609094/1‑91 (MQ=255) tataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgca < 1:3078348/91‑1 (MQ=255) atacataaATGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 1:3733680/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:104724/1‑91 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt > 1:451061/1‑91 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAttt < 1:2477736/91‑1 (MQ=255) aaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtttt > 1:1364210/1‑91 (MQ=255) aaaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtttt > 1:3254077/1‑91 (MQ=21) aaaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtttt > 1:5849/1‑91 (MQ=21) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:606578/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:2922726/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:642244/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:3976106/1‑91 (MQ=25) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa > 1:2295322/1‑91 (MQ=255) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaaa > 1:2165205/1‑91 (MQ=255) ggATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaaa > 1:1058779/1‑91 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg > 1:1534476/1‑91 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg < 1:885518/91‑1 (MQ=255) tGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAg < 1:885609/91‑1 (MQ=255) aCGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCa < 1:2234330/91‑1 (MQ=255) aCGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCa < 1:3508703/91‑1 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 1:2294862/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 1:3963397/1‑91 (MQ=255) | TCTAAAACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAA > USA300TCH1516_ALE/3256‑3434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |