| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 875,947 | A→T | 11.1% | intergenic (+50/‑171) | clfA → / → USA300HOU_RS04275 | Clumping factor A/Staphylocoagulase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 875,947 | 0 | A | T | 11.1% | 289.6 / 22.8 | 90 | intergenic (+50/‑171) | clfA/USA300HOU_RS04275 | Clumping factor A/Staphylocoagulase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/36); new base T (5/5); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
ACTTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGT > USA300TCH1516_ALE/875858‑876036 | actTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaaa > 1:1774273/1‑91 (MQ=255) ctTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaaaa < 1:2873028/91‑1 (MQ=255) ctTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaaaa < 1:3366959/91‑1 (MQ=255) ctTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaaaa < 1:351183/91‑1 (MQ=255) tttCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAgg < 1:1490889/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 1:3431510/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 1:3449877/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 1:1901406/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 1:3798687/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTg > 1:3128545/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTg > 1:2244242/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTg > 1:2242380/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTg > 1:2242306/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTg < 1:715625/91‑1 (MQ=255) cAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTgg < 1:4116257/91‑1 (MQ=255) cAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTgg < 1:2622973/91‑1 (MQ=255) agaagaAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGc < 1:1123233/91‑1 (MQ=255) agaagaAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACATTAAAAGGTGGc < 1:3175361/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAAAGCAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCt > 1:3197653/1‑91 (MQ=255) gaagaaAAAAAGCAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCt > 1:3197903/1‑91 (MQ=255) gaagaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCt > 1:3077568/1‑91 (MQ=255) gaagaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCt < 1:1023761/91‑1 (MQ=255) agaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCttt > 1:2291745/1‑91 (MQ=255) agaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCttt > 1:1222679/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTa < 1:1119247/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTAc < 1:414059/91‑1 (MQ=255) aaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACt > 1:3828477/1‑91 (MQ=255) aaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACt < 1:2798803/91‑1 (MQ=255) aGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTg > 1:3845863/1‑91 (MQ=255) aGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTg > 1:1793031/1‑91 (MQ=255) gAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTgg < 1:2886287/91‑1 (MQ=255) gAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTgg > 1:3226316/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGa > 1:3411833/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGa > 1:2926886/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGAt > 1:3509137/1‑91 (MQ=255) aTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGAttt > 1:1767705/1‑91 (MQ=255) aTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGAttt > 1:419061/1‑91 (MQ=255) aaaGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTc > 1:3051663/1‑91 (MQ=255) aaGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTcc < 1:241458/91‑1 (MQ=255) aTAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCaaa < 1:3482431/91‑1 (MQ=255) aTAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCaaa > 1:3338459/1‑91 (MQ=255) taataaATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAat < 1:3346204/91‑1 (MQ=255) aGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatat < 1:3426534/91‑1 (MQ=255) gAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatata < 1:2777019/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatatat > 1:3758182/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTg < 1:4105159/91‑1 (MQ=255) aaGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGtt > 1:3388610/1‑91 (MQ=255) gTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAAAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTg > 1:3490290/1‑91 (MQ=255) ataatGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAat > 1:2433438/1‑91 (MQ=255) gATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataat > 1:3885154/1‑91 (MQ=255) atatTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataatt < 1:752524/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaat < 1:455436/91‑1 (MQ=255) aaattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataa < 1:1983668/91‑1 (MQ=255) aattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataat < 1:106178/91‑1 (MQ=255) aattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataat < 1:1614457/91‑1 (MQ=255) aattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataat > 1:2343177/1‑91 (MQ=255) ttaaTGATATGATTCATGAAGAAGCTACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGCTTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatta < 1:3857235/91‑1 (MQ=255) ttaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatta < 1:1968175/91‑1 (MQ=255) ttaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatta < 1:1561661/91‑1 (MQ=255) ttaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatta > 1:1214651/1‑91 (MQ=255) ttaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATagaattaataatta < 1:3186949/91‑1 (MQ=255) aaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATaattaataattaat < 1:2835822/91‑1 (MQ=255) aaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATaattaataattaat > 1:1205653/1‑91 (MQ=255) tCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTACCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtc < 1:3500008/91‑1 (MQ=255) tatGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtcatc < 1:2143677/91‑1 (MQ=255) atGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtcatca > 1:3478500/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTaa > 1:2894801/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTaa > 1:163763/1‑91 (MQ=255) gaagaaGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAat < 1:2701801/91‑1 (MQ=255) aagaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAatt > 1:3576460/1‑91 (MQ=255) agaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAatta > 1:1305189/1‑91 (MQ=255) gaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattat < 1:668203/91‑1 (MQ=255) gaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattat < 1:1168798/91‑1 (MQ=255) gaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattat > 1:2582035/1‑91 (MQ=255) aagCCACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattatt > 1:719984/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:1308087/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:2672508/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt > 1:1987345/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt < 1:687059/91‑1 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt > 1:1987256/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt > 1:1987367/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt < 1:3586852/91‑1 (MQ=255) ccACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTa > 1:1408021/1‑91 (MQ=255) ccACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTa > 1:3730222/1‑91 (MQ=255) ccACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTa > 1:2709819/1‑91 (MQ=255) ccACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACGGTTAATTATTTTa > 1:2214736/1‑91 (MQ=255) ccACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTa > 1:1489770/1‑91 (MQ=255) cACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaa < 1:1988813/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaa < 1:1329118/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaa < 1:1328960/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaa > 1:1251847/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAAGTATTTTaaa > 1:3975156/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaaa > 1:3165954/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaaa > 1:799477/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGt > 1:2909590/1‑91 (MQ=255) | ACTTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGT > USA300TCH1516_ALE/875858‑876036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |