| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | T→C | 9.5% | intergenic (+17/‑47) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | 0 | T | C | 9.5% | 381.6 / 24.3 | 126 | intergenic (+17/‑47) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/54); new base C (5/7); total (65/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTA > USA300TCH1516_ALE/890453‑890631 | aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 1:1369231/1‑91 (MQ=255)aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 1:145138/1‑91 (MQ=255) gAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCCTaa > 1:3346815/1‑91 (MQ=255) aaaTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAAt > 1:2030468/1‑91 (MQ=255) aaaTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAAt > 1:3570191/1‑91 (MQ=255) aaTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATc > 1:474597/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |