| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | A→T | 11.6% | intergenic (+23/‑41) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | 0 | A | T | 11.6% | 411.4 / 35.4 | 130 | intergenic (+23/‑41) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/57); new base T (10/5); total (68/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTACATTTT > USA300TCH1516_ALE/890460‑890637 | aGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAg > 1:1699221/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTATCAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGa < 1:3334776/91‑1 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTCAgc > 1:3953627/1‑90 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGa > 1:3876390/1‑91 (MQ=255) tgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGATAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATCATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGAttaa < 1:3683610/91‑3 (MQ=255) tgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGAttaa < 1:3890453/91‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |