Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 950,093 | T→A | 19.6% | intergenic (+87/‑275) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 950,093 | 0 | T | A | 19.6% | 387.3 / 87.5 | 148 | intergenic (+87/‑275) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/70); new base A (14/15); total (63/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCAT > USA300TCH1516_ALE/950003‑950183 | cTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAt < 1:1790144/91‑1 (MQ=255) cTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAt > 1:3827330/1‑91 (MQ=255) aaaGGAACAGATAGATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt > 1:3141567/1‑91 (MQ=255) aaaGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt < 1:2573180/91‑1 (MQ=255) aGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTtta > 1:3559106/1‑91 (MQ=255) aaCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATttaata < 1:1951101/91‑4 (MQ=38) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |