Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | T→A | 18.1% | intergenic (+92/‑270) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | 0 | T | A | 18.1% | 403.5 / 80.0 | 149 | intergenic (+92/‑270) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/74); new base A (14/13); total (62/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCT > USA300TCH1516_ALE/950010‑950188 | aaCAAATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGAC‑A‑AAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGa < 1:3632959/91‑1 (MQ=18) aCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAg < 1:234822/91‑1 (MQ=38) aCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAg < 1:1327351/91‑1 (MQ=38) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAACGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGATAc < 1:3859224/91‑1 (MQ=25) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATAc > 1:1456394/1‑91 (MQ=255) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATAc > 1:1456360/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |