| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 962,332 | T→A | 7.1% | intergenic (+36/‑124) | spsB_2 → / → addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 962,332 | 0 | T | A | 7.1% | 381.4 / 14.2 | 112 | intergenic (+36/‑124) | spsB_2/addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/56); new base A (4/4); total (52/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATAAACGATGTTTTATTTTGTTAGTACCACAATAAAAGCTAAGTTCGAAATGAACTTATAATAAATCAATCACAATCACTTTG > USA300TCH1516_ALE/962242‑962419 | cTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAAt < 1:2591020/91‑1 (MQ=255)cTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAAt > 1:200037/1‑91 (MQ=255)cTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAAt < 1:1056523/91‑1 (MQ=255)cTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAAt < 1:1443608/91‑1 (MQ=255)cTGGCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAAt < 1:3806064/91‑1 (MQ=255) gCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACt < 1:2637128/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |