| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 962,335 | T→C | 6.4% | intergenic (+39/‑121) | spsB_2 → / → addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 962,335 | 0 | T | C | 6.4% | 367.3 / 10.1 | 110 | intergenic (+39/‑121) | spsB_2/addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/57); new base C (4/3); total (50/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATAAACGATGTTTTATTTTGTTAGTACCACAATAAAAGCTAAGTTCGAAATGAACTTATAATAAATCAATCACAATCACTTTGTGTTA > USA300TCH1516_ALE/962245‑962424 | gCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACt < 1:2637128/91‑1 (MQ=255)gCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACt > 1:3876438/1‑91 (MQ=255)gCCATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACt > 1:3876420/1‑91 (MQ=255) ccATTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTg > 1:101780/1‑91 (MQ=255) tttAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATa > 1:900638/1‑91 (MQ=255) tttAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATa > 1:2774367/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |