| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 962,338 | T→C | 7.3% | intergenic (+42/‑118) | spsB_2 → / → addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 962,338 | 0 | T | C | 7.3% | 355.9 / 13.5 | 109 | intergenic (+42/‑118) | spsB_2/addB | Signal peptidase IB/ATP‑dependent helicase/deoxyribonuclease subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/57); new base C (5/3); total (49/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTTAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATAAACGATGTTTTATTTTGTTAGTACCACAATAAAAGCTAAGTTCGAAATGAACTTATAATAAATCAATCACAATCACTTTGTGTTA > USA300TCH1516_ALE/962249‑962424 | tttAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATa > 1:2774868/1‑91 (MQ=255)tttAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATa > 1:900638/1‑91 (MQ=255)tttAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATa > 1:2774367/1‑91 (MQ=255) tAGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATaaa < 1:2662405/91‑1 (MQ=255) aGTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATAAAc > 1:510585/1‑91 (MQ=255) gTGAATTTAAACATAATTTCAATCCTGAAAATACTAAAAATTAATATGAAACAAATACAACATCGTTTGTCGGTTTTAATACTGATAAACg < 1:1016794/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |