Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | T→C | 9.1% | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | 0 | T | C | 9.1% | 427.2 / 24.8 | 140 | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/50); new base C (5/8); total (82/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGTGAAATATTGATAT > USA300TCH1516_ALE/970600‑970780 | aGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGAt < 1:1533622/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTg > 1:1308202/1‑91 (MQ=255) aaaGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGt < 1:2567476/91‑1 (MQ=255) aGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAACTAACCAATCTATATAAAGACTGGTTa < 1:1071195/91‑1 (MQ=25) gTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGttta > 1:2819413/1‑89 (MQ=255) gTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAg > 1:2241683/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |