Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,019,742 | G→A | 6.5% | intergenic (+64/+49) | USA300HOU_RS05030 → / ← ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,019,742 | 0 | G | A | 6.5% | 356.5 / 10.1 | 108 | intergenic (+64/+49) | USA300HOU_RS05030/ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/55); new base A (2/5); total (48/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTTATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATA > USA300TCH1516_ALE/1019652‑1019832 | gTTATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTg > 1:1865700/1‑91 (MQ=255) gTTATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTg > 1:1650781/1‑91 (MQ=255) aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt > 1:1775498/1‑91 (MQ=255) aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt > 1:568195/1‑91 (MQ=255) ttGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATg < 1:2856658/91‑1 (MQ=255) ttGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATg < 1:1316065/91‑1 (MQ=255) 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aaaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATg > 1:1588063/1‑91 (MQ=255) aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGa > 1:1785132/1‑91 (MQ=255) aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGa > 1:53660/1‑91 (MQ=255) aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGa < 1:2482623/91‑1 (MQ=25) aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGa < 1:801153/91‑1 (MQ=25) aTTAGCTTGAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAGAATGAc < 1:2979366/91‑1 (MQ=255) aTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGAc < 1:2979097/91‑1 (MQ=255) aTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGAc < 1:1823466/91‑1 (MQ=25) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |