BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	1,019,743	A→C	6.4%	intergenic (+65/+48)	USA300HOU_RS05030 → / ← ltaA	Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	1,019,743	0	A	C	6.4%	377.5 / 16.2	109	intergenic (+65/+48)	USA300HOU_RS05030/ltaA	Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/55); new base C (2/5); total (49/60)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01

Only 100 of 112 total aligned reads displayed.

ATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATAA  >  USA300TCH1516_ALE/1019655‑1019833

aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt                                                                                          >  1:1775498/1‑91 (MQ=255)

aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt                                                                                          >  1:568195/1‑91 (MQ=255)

 ttGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATg                                                                                         <  1:2856658/91‑1 (MQ=255)

 ttGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATg                                                                                         <  1:1316065/91‑1 (MQ=255)

 ttGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATg                                                                                         <  1:1327077/91‑1 (MQ=255)

   gAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGta                                                                                       >  1:1310507/1‑91 (MQ=255)

    aaaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaa                                                                                      >  1:896014/1‑91 (MQ=255)

    aaaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaa                                                                                      <  1:2143470/91‑1 (MQ=255)

    aaaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaa                                                                                      <  1:1429962/91‑1 (MQ=255)

     aaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaat                                                                                     <  1:627881/91‑1 (MQ=255)

       cGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaataa                                                                                   >  1:73495/1‑91 (MQ=255)

         tttAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATaaaa                                                                                 >  1:1409709/1‑91 (MQ=255)

          ttAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATaaaaa                                                                                >  1:3951232/1‑91 (MQ=255)

            aaaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATg                                                                              >  1:1588063/1‑91 (MQ=255)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAACTGa                                                                             >  1:3348106/1‑91 (MQ=255)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGa                                                                             >  1:1785132/1‑91 (MQ=255)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGa                                                                             >  1:53660/1‑91 (MQ=255)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGa                                                                             >  1:201005/1‑91 (MQ=255)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGa                                                                             <  1:2482623/91‑1 (MQ=25)

             aaTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGa                                                                             <  1:801153/91‑1 (MQ=25)

              aTTAGCTTGAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAGAATGAc                                                                            <  1:2979366/91‑1 (MQ=255)

              aTTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGAc                                                                            <  1:1823466/91‑1 (MQ=25)

               ttAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGAcc                                                                           <  1:442185/91‑1 (MQ=255)

                 aGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCAt                                                                         >  1:3917763/1‑91 (MQ=255)

                 aGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCAt                                                                         >  1:2495373/1‑91 (MQ=255)

                  gCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCAtt                                                                        <  1:3445248/91‑1 (MQ=255)

                  gCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGACCAtt                                                                        <  1:2350768/91‑1 (MQ=21)

                    ttAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCAtttt                                                                      <  1:762308/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGACCATTTTc                                                                     <  1:1097673/91‑1 (MQ=21)

                      aaGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCt                                                                    <  1:2203598/91‑1 (MQ=255)

                       aGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCtt                                                                   <  1:3753350/91‑1 (MQ=255)

                       aGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCtt                                                                   <  1:3753283/91‑1 (MQ=255)

                          aaCATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTAt                                                                <  1:427222/91‑1 (MQ=255)

                               aataGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTaa                                                           >  1:3660615/1‑91 (MQ=255)

                               aataGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTaa                                                           >  1:2730740/1‑91 (MQ=255)

                               aataGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTaa                                                           <  1:699086/91‑1 (MQ=255)

                               aataGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTaa                                                           <  1:572759/91‑1 (MQ=255)

                                      ttGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGt                                                    >  1:534037/1‑91 (MQ=255)

                                      ttGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGt                                                    >  1:533783/1‑91 (MQ=255)

                                      ttGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGt                                                    >  1:2394238/1‑91 (MQ=255)

                                       tGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGtt                                                   <  1:2695993/91‑1 (MQ=255)

                                         ttAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGtttt                                                 <  1:462384/91‑1 (MQ=255)

                                             tCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAAcc                                             <  1:948951/91‑1 (MQ=255)

                                              cGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACct                                            >  1:107206/1‑91 (MQ=255)

                                               gtagtaTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACctt                                           >  1:2582982/1‑91 (MQ=255)

                                               gtagtaTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACctt                                           >  1:2588819/1‑91 (MQ=255)

                                                 agtaTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACcttac                                         >  1:1055217/1‑91 (MQ=255)

                                                  gtaTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACcttact                                        <  1:250426/91‑1 (MQ=255)

                                                   taTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACcttactt                                       <  1:2268631/91‑1 (MQ=255)

                                                   taTGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACcttactt                                       <  1:2834288/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:2240903/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:2127656/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:2240924/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:2241381/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:2241777/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     >  1:1771147/1‑91 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAg                                     <  1:573036/91‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACGTAg                                     >  1:3348875/1‑91 (MQ=255)

                                                        ttGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCtt                                  <  1:20328/91‑1 (MQ=255)

                                                         tGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCttt                                 <  1:2895786/91‑1 (MQ=255)

                                                           aaTTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCttttt                               <  1:1494713/91‑1 (MQ=255)

                                                             ttAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTtct                             <  1:3601414/91‑1 (MQ=255)

                                                                ataaGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTa                          >  1:566817/1‑91 (MQ=255)

                                                                ataaGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTa                          >  1:442797/1‑91 (MQ=255)

                                                                ataaGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTa                          >  1:2624734/1‑91 (MQ=255)

                                                                 taaGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTAt                         >  1:1496648/1‑91 (MQ=255)

                                                                   aGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTAttt                       <  1:1797640/91‑1 (MQ=255)

                                                                     aaaaTGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTAc                     >  1:48208/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:1360801/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2570828/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2192701/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2693806/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 >  1:2447118/1‑91 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2387617/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2764778/91‑1 (MQ=255)

                                                                         tGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACtata                 <  1:2765330/91‑1 (MQ=255)

                                                                          ggTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaa                <  1:1208066/91‑1 (MQ=255)

                                                                          ggTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaa                >  1:1772389/1‑91 (MQ=255)

                                                                           gTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaaa               >  1:2668510/1‑91 (MQ=255)

                                                                           gTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaaa               <  1:1931258/91‑1 (MQ=255)

                                                                           gTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaaa               >  1:4077805/1‑91 (MQ=255)

                                                                           gTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATaaa               >  1:3956062/1‑91 (MQ=25)

                                                                            tCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAg              <  1:1854902/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTa            >  1:2996305/1‑91 (MQ=255)

                                                                                ttttATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGc          >  1:3819121/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 tttATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCt         <  1:3336474/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCtt        >  1:383985/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    aTTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTcc      >  1:1962707/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    aTTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTcc      <  1:1620521/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    aTTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTcc      >  1:2267417/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    aTTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTcc      <  1:136968/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    aTTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTcc      <  1:493152/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     ttGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCa     >  1:2948920/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     ttGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCa     <  1:906441/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTATTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCAt    <  1:3493454/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      tGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCAt    <  1:83215/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       gAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTGGCTTTTTCTCTATTTACTATAAATTCGCTTCCAtc   >  1:1536411/1‑90 (MQ=255)

                                                                                        aaTGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATaa  <  1:1598574/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aaTGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATaa  <  1:439771/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aaTGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATaa  <  1:3697660/91‑1 (MQ=255)

ATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATAA  >  USA300TCH1516_ALE/1019655‑1019833

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`