| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 33,661 | A→T | 6.1% | intergenic (+317/‑51) | mggB_1 → / → rlmH | Mannosylglucosyl‑3‑phosphoglycerate phosphatase/Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 33,661 | 0 | A | T | 6.1% | 281.6 / 8.1 | 82 | intergenic (+317/‑51) | mggB_1/rlmH | Mannosylglucosyl‑3‑phosphoglycerate phosphatase/Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/36); new base T (3/2); total (44/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
TACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAAGAGA > USA300TCH1516_ALE/33572‑33751 | taCACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTtaat < 1:1081360/91‑1 (MQ=255) acacTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTtaata > 1:2231232/1‑91 (MQ=255) acacTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTtaata > 1:2231034/1‑91 (MQ=255) acacTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTtaata > 1:3694283/1‑91 (MQ=255) acacTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTtaata > 1:1502179/1‑91 (MQ=255) acTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTATTAAc < 1:738663/91‑1 (MQ=255) acTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTATTAAc < 1:1641447/91‑1 (MQ=255) cTAAAACACGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACt < 1:3580970/91‑1 (MQ=255) tAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACtt > 1:4085137/1‑91 (MQ=255) tAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACtt > 1:292172/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGCACAGCGTGAACAAGTTAATAACTtg > 1:94764/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTtg > 1:94401/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTtg > 1:94462/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTtg > 1:168821/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTtg < 1:1037828/91‑1 (MQ=255) tCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGAt < 1:718362/91‑1 (MQ=255) cGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATa < 1:2866752/91‑1 (MQ=255) ggCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAAc > 1:1420284/1‑91 (MQ=255) ggCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAAc < 1:3262031/91‑1 (MQ=255) ggCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAAc > 1:2574568/1‑91 (MQ=255) ggCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAAc > 1:3866866/1‑91 (MQ=255) gCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACt < 1:3098014/91‑1 (MQ=255) gCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACt > 1:3707861/1‑91 (MQ=255) gCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACt > 1:4076913/1‑91 (MQ=255) gCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACt > 1:1288672/1‑91 (MQ=255) gCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACt < 1:857650/91‑1 (MQ=255) cATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTg < 1:120689/91‑1 (MQ=255) aTAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTgg < 1:2709659/91‑1 (MQ=255) tAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGa < 1:3602417/91‑1 (MQ=255) aaTGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGaaa > 1:1217701/1‑91 (MQ=255) aaTGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGaaa > 1:3637972/1‑91 (MQ=255) tGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGt > 1:424430/1‑91 (MQ=255) cAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGa > 1:3925896/1‑91 (MQ=255) aGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGAt < 1:1447665/91‑1 (MQ=255) aGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGAt < 1:2474418/91‑1 (MQ=255) aGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGAt < 1:1533134/91‑1 (MQ=255) aGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGAt < 1:1451982/91‑1 (MQ=255) ggAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATa < 1:3062164/91‑1 (MQ=255) ggAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATa < 1:3058172/91‑1 (MQ=255) ggAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATa < 1:108522/91‑1 (MQ=255) ggAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATa < 1:1860530/91‑1 (MQ=255) atatCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAAt > 1:1418056/1‑91 (MQ=255) tatCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAAtt > 1:3640467/1‑91 (MQ=255) tatCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAAtt < 1:3064543/91‑1 (MQ=255) tatCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAAtt > 1:3640312/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:2821210/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:976304/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:976142/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:1207832/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:1208286/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:1978643/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:2119557/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTgga > 1:2122027/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTggagg < 1:2117613/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTggagg < 1:2117529/91‑1 (MQ=255) tGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCa > 1:2361338/1‑91 (MQ=255) gCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCaa > 1:3477930/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAAc < 1:645287/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACg > 1:603406/1‑91 (MQ=255) aaaTATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGAc < 1:1759730/91‑1 (MQ=255) aaTATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACa < 1:2432426/91‑1 (MQ=255) ttGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGaa > 1:595293/1‑91 (MQ=255) gTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAAt < 1:278769/91‑1 (MQ=255) gTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAAt > 1:284366/1‑91 (MQ=255) tataCTAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATc < 1:3463490/91‑1 (MQ=255) aataaGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCAcc > 1:55248/1‑91 (MQ=255) aataaGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCAcc > 1:54895/1‑91 (MQ=255) taaGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCAt < 1:1680924/91‑1 (MQ=255) aaGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCAtt < 1:2093846/91‑1 (MQ=255) gagGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCAtttt < 1:1978324/91‑1 (MQ=255) gagGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCAtttt < 1:2610535/91‑1 (MQ=255) gagGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCAtttt > 1:2854346/1‑91 (MQ=255) agGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTa > 1:846516/1‑91 (MQ=255) gggAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAg < 1:3026290/91‑1 (MQ=255) gggAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAg > 1:864972/1‑91 (MQ=255) aCAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGt > 1:3089396/1‑91 (MQ=255) gtgtGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAgg < 1:858429/91‑1 (MQ=255) gtgtGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAgg < 1:3261826/91‑1 (MQ=255) tgtgAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAggg < 1:2763911/91‑1 (MQ=255) aaCAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAAc > 1:1939311/1‑91 (MQ=255) aCAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACt < 1:3660002/91‑1 (MQ=255) cAAGTTATTAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTa > 1:315823/1‑91 (MQ=255) cAAGTTATTAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTa > 1:656561/1‑91 (MQ=255) aaGTTATTAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTaa > 1:2195439/1‑91 (MQ=255) gTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTaaaa > 1:508036/1‑91 (MQ=255) ttAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAag > 1:3594747/1‑91 (MQ=255) ttAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAag < 1:3384046/91‑1 (MQ=255) taataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAaga < 1:701199/91‑1 (MQ=255) taataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAaga < 1:1729045/91‑1 (MQ=255) taataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAaga < 1:1729108/91‑1 (MQ=255) taataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAaga < 1:4098614/91‑1 (MQ=255) taataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAaga > 1:3521620/1‑91 (MQ=255) ataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAAgaga > 1:2938343/1‑91 (MQ=255) ataaCTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAAgaga > 1:3542328/1‑91 (MQ=255) | TACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCATTTTAGCTGTAGGGAAACTAAAAGAGA > USA300TCH1516_ALE/33572‑33751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |