Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,232,565 | C→A | 5.9% | A157D (GCT→GAT) | prkC → | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,232,565 | 0 | C | A | 5.9% | 356.5 / 11.3 | 101 | A157D (GCT→GAT) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/45); new base A (3/3); total (53/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTAGGTACTGTGCAGTACTTTTCGCCAGAACAAGCAAAAGGTGAGGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1232475‑1232652 | tGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc < 1:304043/91‑1 (MQ=255) tGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc < 1:304098/91‑1 (MQ=255) tGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc < 1:258202/91‑1 (MQ=255) tGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc < 1:4007348/91‑1 (MQ=255) gCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCt > 1:1603312/1‑91 (MQ=255) aTTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTaa > 1:3047698/1‑91 (MQ=255) 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atatTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt > 1:2832125/1‑91 (MQ=255) atatTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt > 1:601009/1‑91 (MQ=255) atTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTaa < 1:422679/91‑1 (MQ=255) atTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTaa < 1:2258278/91‑1 (MQ=255) ttAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGATTTAAGTGAGACGTCTTTAAc < 1:3932166/91‑1 (MQ=255) aGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCa > 1:2250617/1‑91 (MQ=255) aGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCa > 1:2795282/1‑91 (MQ=255) ccACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGa < 1:372758/91‑1 (MQ=255) 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atTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAtgtg < 1:3827022/91‑1 (MQ=255) ttAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGATTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATgtgt > 1:540155/1‑91 (MQ=255) tAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGtt < 1:3512530/91‑1 (MQ=255) tAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGtt > 1:505598/1‑91 (MQ=255) aaTTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTa < 1:1452985/91‑1 (MQ=255) aaTTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTa < 1:3702351/91‑1 (MQ=255) aaTTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTa < 1:839641/91‑1 (MQ=255) aTTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTAg < 1:585192/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |