Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,562 | A→G | 5.7% | intergenic (+29/‑161) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,239,562 | 0 | A | G | 5.7% | 463.3 / 12.9 | 139 | intergenic (+29/‑161) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/43); new base G (5/3); total (93/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TAGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTC > USA300TCH1516_ALE/1239472‑1239651 | tAGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATa < 1:1849116/91‑1 (MQ=255) tAGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATa < 1:1431337/91‑1 (MQ=255) aGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaa > 1:3737195/1‑91 (MQ=255) aGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaa > 1:2910631/1‑91 (MQ=255) aGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaa > 1:1447468/1‑91 (MQ=255) gAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaaa > 1:792997/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |