| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,566 | C→T | 5.8% | intergenic (+33/‑157) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,239,566 | 0 | C | T | 5.8% | 462.6 / 11.3 | 137 | intergenic (+33/‑157) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/42); new base T (5/3); total (92/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |