Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,245,330 | A→T | 9.4% | intergenic (+135/‑108) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,245,330 | 0 | A | T | 9.4% | 385.1 / 22.7 | 114 | intergenic (+135/‑108) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/45); new base T (2/9); total (60/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTT > USA300TCH1516_ALE/1245240‑1245418 | cAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTaa < 1:3334907/91‑1 (MQ=255) tGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCa > 1:2087469/1‑91 (MQ=255) tGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCa > 1:2110444/1‑91 (MQ=255) tGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCa < 1:3841621/91‑1 (MQ=255) tGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCa > 1:1278681/1‑91 (MQ=255) ggAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCaa < 1:4096701/91‑1 (MQ=255) ggAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCaa > 1:1475506/1‑91 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa > 1:2191964/1‑91 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa > 1:1497934/1‑91 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa > 1:1526238/1‑91 (MQ=255) ttGTTTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAAtt > 1:1657039/1‑91 (MQ=255) tGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGAGAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTg > 1:3303576/1‑91 (MQ=255) tGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGAGAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTg > 1:3303596/1‑91 (MQ=255) gTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGa < 1:2265422/91‑1 (MQ=255) gTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGa > 1:726504/1‑91 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTATGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATAAATTGATa < 1:3543466/91‑1 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGAtt < 1:3814056/91‑2 (MQ=38) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 1:662832/1‑91 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 1:1110863/1‑91 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa < 1:3709189/91‑1 (MQ=255) tGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATaa > 1:2134785/1‑91 (MQ=255) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGAttag < 1:3025930/91‑4 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 1:958421/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 1:1022266/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgt < 1:3823589/91‑1 (MQ=255) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgt > 1:1741394/1‑91 (MQ=255) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 1:4028479/91‑1 (MQ=37) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 1:534164/91‑1 (MQ=37) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 1:893416/91‑1 (MQ=37) aGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGttt < 1:3104317/91‑1 (MQ=255) gTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:2770094/1‑91 (MQ=255) aCTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa > 1:2442271/1‑91 (MQ=255) ttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAtt < 1:988092/91‑1 (MQ=255) gCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTc < 1:166665/91‑1 (MQ=255) gggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTa < 1:45204/91‑1 (MQ=255) gggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTa < 1:45353/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 1:1036146/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc > 1:2514471/1‑91 (MQ=255) gggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACt < 1:2735549/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGt < 1:3475747/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGt < 1:3130949/91‑1 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt < 1:1090951/91‑1 (MQ=255) tAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTa < 1:1330015/91‑1 (MQ=255) tAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTa > 1:2279326/1‑91 (MQ=255) aaGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAg < 1:1200817/91‑1 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 1:640646/1‑91 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:3630219/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:1274922/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:3629548/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:3629231/91‑1 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAttt > 1:411454/1‑91 (MQ=255) ccTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTa < 1:1836586/91‑1 (MQ=255) ccTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTa < 1:1836602/91‑1 (MQ=255) cTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaa > 1:1136486/1‑91 (MQ=255) cTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaa > 1:1273661/1‑91 (MQ=255) cTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaa > 1:2205043/1‑91 (MQ=255) cTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaa > 1:2205015/1‑91 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:4066630/1‑91 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:3099793/1‑91 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:360674/1‑91 (MQ=255) tAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATgg > 1:697425/1‑91 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaa < 1:3557026/91‑1 (MQ=255) gTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaa > 1:2813671/1‑91 (MQ=255) gTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaa > 1:2813659/1‑91 (MQ=255) tCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAat > 1:3942414/1‑91 (MQ=255) tCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAat > 1:3942476/1‑91 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAata > 1:2432658/1‑91 (MQ=255) cAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAatat > 1:1908275/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtag > 1:1416714/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtag > 1:2633437/1‑91 (MQ=255) aTTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagta > 1:2762734/1‑91 (MQ=255) aTTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagta > 1:373218/1‑91 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag < 1:2609354/91‑1 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag > 1:843587/1‑91 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag < 1:2608940/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:2621541/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:3003984/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:406906/91‑1 (MQ=255) ctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCt > 1:1186871/1‑91 (MQ=255) tcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTa > 1:2336939/1‑91 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt > 1:805186/1‑91 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt > 1:2613411/1‑91 (MQ=255) cTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGt > 1:4043584/1‑91 (MQ=255) ttaGAAACACTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta > 1:2750642/3‑91 (MQ=25) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAATAGTCTATGta > 1:1611082/1‑91 (MQ=255) gaagcacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg < 1:3271895/87‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc < 1:1528297/91‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc < 1:4026075/91‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc < 1:4025889/91‑1 (MQ=255) acacTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa > 1:528064/1‑91 (MQ=37) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGATTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 1:3863556/91‑1 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:2905551/1‑91 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:2192713/1‑91 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:266989/1‑91 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:1601584/1‑91 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:322420/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt > 1:1406743/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt < 1:400633/91‑1 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt < 1:942398/91‑1 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt > 1:2908402/1‑91 (MQ=255) | CCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTT > USA300TCH1516_ALE/1245240‑1245418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |