Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,255,815 | A→G | 5.5% | intergenic (+31/+213) | rplS → / ← USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,255,815 | 0 | A | G | 5.5% | 354.4 / 8.3 | 109 | intergenic (+31/+213) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/53); new base G (4/2); total (54/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAATTATATTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATA > USA300TCH1516_ALE/1255725‑1255905 | aaaTTATATTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCa < 1:3624865/91‑1 (MQ=255) aaTTATATTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCaa < 1:3617420/91‑1 (MQ=255) aTTATATTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCaaa > 1:2809926/1‑91 (MQ=255) tataTTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAAtt < 1:1939670/91‑1 (MQ=255) tataTTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAAtt > 1:1163482/1‑91 (MQ=255) tataTTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAAtt < 1:1967907/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |