| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,270,460 | C→G | 5.2% | intergenic (+211/‑206) | trmFO → / → xerC_1 | Methylenetetrahydrofolate‑‑tRNA‑(uracil‑5‑)‑ methyltransferase TrmFO/Tyrosine recombinase XerC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,270,460 | 0 | C | G | 5.2% | 342.3 / 8.2 | 96 | intergenic (+211/‑206) | trmFO/xerC_1 | Methylenetetrahydrofolate‑‑tRNA‑(uracil‑5‑)‑ methyltransferase TrmFO/Tyrosine recombinase XerC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/52); new base G (3/2); total (42/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
AATTTAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACTTTATTTAAAAGGCAATGAAATAATAAATGGCAAGGCTATTAATAAAGACTTTTAGTAATTAATTTAAAAAAGAGGTATTCTAATTAAC > USA300TCH1516_ALE/1270372‑1270549 | aaTTTAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACTCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACtt < 1:1333645/91‑1 (MQ=255)aaTTTAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACtt < 1:3030550/91‑1 (MQ=255) ttAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACtttat < 1:578529/91‑1 (MQ=255) ttAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACtttat < 1:4119482/91‑1 (MQ=255) tAGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAAGtttatt < 1:2335774/91‑1 (MQ=255) aGAATTCGCATTCAAAAAATATCTAAATAAATAACACGCAATAAGTTGATTGATGTAACATGTAAGAGAATGTTTTAAATAAACtttattt > 1:421240/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |