Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,313,113 | A→T | 9.6% | intergenic (+17/+280) | rny_1 → / ← USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,313,113 | 0 | A | T | 9.6% | 414.6 / 26.9 | 126 | intergenic (+17/+280) | rny_1/USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/59); new base T (3/9); total (58/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGTTATTTG > USA300TCH1516_ALE/1313023‑1313202 | aTGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTcaca < 1:3807616/91‑1 (MQ=255) gAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACaaa > 1:798691/1‑91 (MQ=255) aaTTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAAt < 1:3875917/91‑1 (MQ=255) aaTTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAAt < 1:2695101/91‑1 (MQ=255) ttACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTa < 1:3192168/91‑1 (MQ=255) ttACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTa < 1:212539/91‑1 (MQ=255) ttACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTa > 1:3826029/1‑91 (MQ=255) tACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAAtttg < 1:2421318/91‑3 (MQ=255) tACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAg < 1:185188/91‑1 (MQ=255) tACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAg < 1:182824/91‑1 (MQ=255) atatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAg < 1:2048087/91‑1 (MQ=255) atatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAg > 1:1776098/1‑91 (MQ=255) atatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAg > 1:3841279/1‑91 (MQ=255) atatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAg > 1:3839831/1‑91 (MQ=255) tatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAgg < 1:1548120/91‑1 (MQ=255) tatCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAgg > 1:1444372/1‑91 (MQ=255) tCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGa > 1:3882617/1‑91 (MQ=255) ccTGGTCATATCAAGGTCACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAg < 1:3551049/91‑1 (MQ=255) cTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGc < 1:1621930/91‑1 (MQ=255) cTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGc < 1:179279/91‑1 (MQ=255) tGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCt > 1:2910140/1‑91 (MQ=255) ggTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAATTTGTGAGGGAgaca < 1:3951028/91‑4 (MQ=39) 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tCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAg < 1:3870980/91‑1 (MQ=255) cAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAAAAATTTTTGTCTCCCTCACCAATTAGTGAGGGAGCGTTTTTAAGt > 1:894728/1‑91 (MQ=255) aGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTg < 1:1899412/91‑1 (MQ=255) aGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTg < 1:4077957/91‑1 (MQ=255) ggTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGt > 1:1810944/1‑91 (MQ=255) ggTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGt > 1:3893292/1‑91 (MQ=255) gTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTa < 1:3998692/91‑1 (MQ=255) tGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAg > 1:2589468/1‑91 (MQ=255) 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cAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCt > 1:4132924/1‑91 (MQ=255) cAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCt < 1:1494068/91‑1 (MQ=255) gttgttCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTa > 1:2262429/1‑91 (MQ=255) ttgttCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTaa > 1:1700107/1‑91 (MQ=255) ttgttCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTaa < 1:3349987/91‑1 (MQ=255) tgttCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAAt < 1:1704807/91‑1 (MQ=255) gttCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATc > 1:2849231/1‑91 (MQ=255) gagagaCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGt < 1:3815003/91‑1 (MQ=255) agaggCAAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGtt < 1:1118116/91‑1 (MQ=255) agagaCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGtt > 1:1092491/1‑91 (MQ=255) gagaCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTa < 1:1904725/91‑1 (MQ=255) gagaCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTa > 1:1205890/1‑91 (MQ=255) aCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGAc > 1:2961545/1‑91 (MQ=255) aCTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGAc < 1:2279412/91‑1 (MQ=255) cTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACa > 1:1029218/1‑91 (MQ=255) tAGAGGAGTAGAATATGCGAAATAACTTTTGTCTCCCTCGCAAATTAGTGAGGCAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAg < 1:3861137/91‑1 (MQ=255) 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cccTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACagtagt > 1:3239860/1‑91 (MQ=255) ccTCACTAATTTGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGtt > 1:1001339/1‑91 (MQ=255) ccTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGtt < 1:3169748/91‑1 (MQ=255) cTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTCAATCTAATTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATAGTAAACAGTGGTTa > 1:3203182/1‑91 (MQ=255) cactAATTTGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGTTAtt > 1:760715/1‑91 (MQ=255) caAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGTTATTTg > 1:2889343/1‑91 (MQ=255) | ATGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGTTATTTG > USA300TCH1516_ALE/1313023‑1313202 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |