| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,313,343 | A→G | 5.3% | intergenic (+247/+50) | rny_1 → / ← USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,313,343 | 0 | A | G | 5.3% | 292.6 / 3.3 | 88 | intergenic (+247/+50) | rny_1/USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/42); new base G (2/3); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTTAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAACACATCTTCTCTTCTGCAATATTAATTAGGATTTATTTCTAAGTTGAGTTATTTTAATTGTAAATCTGTTTTCTTTAATTCTTTTATAA > USA300TCH1516_ALE/1313255‑1313433 | gTTTTAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAac > 1:2435957/1‑91 (MQ=255)gTTTTAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAac < 1:844270/91‑1 (MQ=255)gTTTTAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAac > 1:2436893/1‑91 (MQ=255)gTTTTAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAac > 1:3132373/1‑91 (MQ=255) ttttAGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAaca < 1:3415480/91‑1 (MQ=255) aGGCTTCGTAATTACTATATTTATATTATGTAAACCTATAAAGATGATTGCTTTTCTATCCAATAAAAAAGAAGAGAAGATGTAACACAtc > 1:1334192/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |