| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,332,110 | G→A | 15.0% | V168V (GTG→GTA) | miaA → | tRNA dimethylallyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,332,110 | 0 | G | A | 15.0% | 305.8 / 40.3 | 120 | V168V (GTG→GTA) | miaA | tRNA dimethylallyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/46); new base A (8/10); total (64/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CATTTAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGATACATT > USA300TCH1516_ALE/1332021‑1332199 | cATTTAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAgtgt > 1:1498678/1‑91 (MQ=255) tttAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTg < 1:2180992/91‑1 (MQ=255) tttAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTg < 1:4113219/91‑1 (MQ=255) ttAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgc < 1:66627/91‑1 (MQ=255) tAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcg < 1:2310326/91‑1 (MQ=255) tAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcg < 1:4037374/91‑1 (MQ=255) tAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcg < 1:4037322/91‑1 (MQ=255) aGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTCCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcgc < 1:3602581/91‑1 (MQ=255) aTAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcgcgc < 1:3355313/91‑1 (MQ=255) aTAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcgcgc > 1:2752813/1‑91 (MQ=255) aTAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTgcgcgc > 1:2752825/1‑91 (MQ=255) tAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCt < 1:2214643/91‑1 (MQ=255) tCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTAtt < 1:14038/91‑1 (MQ=255) cAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTg > 1:1674967/1‑91 (MQ=255) gCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGaa > 1:4065423/1‑91 (MQ=255) gCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGaa < 1:4119580/91‑1 (MQ=255) aaCTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAata < 1:1885109/91‑1 (MQ=255) aaCTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAata > 1:115882/1‑91 (MQ=255) cTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAAtatt < 1:3168834/91‑1 (MQ=255) cTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAAtatt < 1:2803571/91‑1 (MQ=255) cacGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATattatt < 1:1137735/91‑1 (MQ=255) acGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTAttt > 1:1125419/1‑91 (MQ=255) cGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTa > 1:1271572/1‑91 (MQ=255) tattTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTaaaaa < 1:43513/91‑1 (MQ=255) attTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAAc > 1:4095047/1‑91 (MQ=255) ttAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGCATATTATTTAAAAACaa > 1:3554423/1‑91 (MQ=255) ttAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaa < 1:3048890/91‑1 (MQ=255) ttAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaa < 1:3048946/91‑1 (MQ=255) tAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaa > 1:2410031/1‑91 (MQ=255) tAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaa > 1:2409960/1‑91 (MQ=255) tAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGTGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaa < 1:2923706/91‑1 (MQ=255) gCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaaaa < 1:3695793/91‑1 (MQ=255) gCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaaaa > 1:3045683/1‑91 (MQ=255) gCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaaaa > 1:3046495/1‑91 (MQ=255) gCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACaaaaa < 1:3695923/91‑1 (MQ=255) aTTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACtt < 1:2301252/91‑1 (MQ=255) aTTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACtt < 1:2302852/91‑1 (MQ=255) aTTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACtt < 1:2301223/91‑1 (MQ=255) aTTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGATCTTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACtt > 1:3322909/1‑91 (MQ=255) tttGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACttt > 1:2436795/1‑91 (MQ=255) tttGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACttt < 1:1349977/91‑1 (MQ=255) tttGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACttt < 1:1351431/91‑1 (MQ=255) tGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTg < 1:1809433/91‑1 (MQ=255) aTGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAg < 1:106115/91‑1 (MQ=255) aTGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAg > 1:772380/1‑91 (MQ=255) aTGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAg > 1:1252846/1‑91 (MQ=255) aTGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAg > 1:1507546/1‑91 (MQ=255) tGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGt > 1:109259/1‑91 (MQ=255) tGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGt > 1:1642747/1‑91 (MQ=255) tGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGt > 1:1643567/1‑91 (MQ=255) cGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTaa > 1:4030872/1‑91 (MQ=255) cGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTaa > 1:649267/1‑91 (MQ=255) cGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTaa > 1:1343025/1‑91 (MQ=255) gTTTCTGCAGAATATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATc > 1:3178464/1‑91 (MQ=255) ttCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGc < 1:2950168/91‑1 (MQ=255) tCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCa < 1:1418577/91‑1 (MQ=255) tCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCa < 1:1657121/91‑1 (MQ=255) tCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCa > 1:330058/1‑91 (MQ=255) cTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCACAGAGTATTTCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCaa > 1:1542596/1‑91 (MQ=255) cTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCaa > 1:721689/1‑91 (MQ=255) tGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAg < 1:2610808/91‑1 (MQ=255) tGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAg < 1:2610729/91‑1 (MQ=255) gCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGa > 1:2876704/1‑91 (MQ=255) aaTATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGc < 1:268251/91‑1 (MQ=255) aaTATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGc < 1:3898422/91‑1 (MQ=255) tatTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaa > 1:1585805/1‑91 (MQ=255) atTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaac < 1:2501519/91‑1 (MQ=255) atTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaac < 1:3409610/91‑1 (MQ=255) ttCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaaca > 1:1172067/1‑91 (MQ=255) ttCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaaca > 1:3864152/1‑91 (MQ=255) ttCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTATGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaaca > 1:3864514/1‑91 (MQ=255) ttCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTATGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaaca > 1:2819633/1‑91 (MQ=255) tCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGcaacaa > 1:1892143/1‑91 (MQ=255) cACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAt > 1:647227/1‑91 (MQ=255) cACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAt > 1:835720/1‑91 (MQ=255) cACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAt > 1:2285441/1‑91 (MQ=255) cACCCTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTGAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAt > 1:3296089/1‑91 (MQ=255) cccTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAttt > 1:47042/1‑91 (MQ=255) cccTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAttt < 1:1434205/91‑1 (MQ=255) cccTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAAttt < 1:1434232/91‑1 (MQ=255) ccTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTa < 1:379077/91‑1 (MQ=255) cTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTAc < 1:3717520/91‑1 (MQ=255) cTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTAc < 1:3608589/91‑1 (MQ=255) cTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTAc < 1:2203789/91‑1 (MQ=255) cTAACAACCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTAc < 1:2202335/91‑1 (MQ=255) aacaacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTg < 1:1617551/91‑1 (MQ=255) aacaacCGCCAAAGAGTATTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTg < 1:1162805/91‑1 (MQ=255) caacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaa > 1:108195/1‑91 (MQ=255) caacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaa > 1:2868614/1‑91 (MQ=255) caacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaa > 1:108496/1‑91 (MQ=255) caacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaa > 1:1817456/1‑91 (MQ=255) aacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaaa < 1:767456/91‑1 (MQ=255) aacCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaaa > 1:710054/1‑91 (MQ=255) acCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGaaaa > 1:282557/1‑91 (MQ=255) cGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAGTCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAAtt > 1:3543563/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGa < 1:3939832/91‑1 (MQ=255) aaaGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGa > 1:3516210/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGa > 1:3512609/1‑91 (MQ=255) agagTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGATa > 1:2634493/1‑91 (MQ=255) tgtTGCGCGCTGTTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGATACatt < 1:3757166/91‑1 (MQ=255) | CATTTAGATAATCAGCAACTACACGATTATTTAGCTCAATTTGATGCGGTTTCTGCAGAAAATATTCACCCTAACAACCGCCAAAGAGTGTTGCGCGCTATTGAATATTATTTAAAAACAAAAAAACTTTTGAGTAATCGCAAGAAAGTGCAACAATTTACTGAAAATTATGATACATT > USA300TCH1516_ALE/1332021‑1332199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |