Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,343,619 | A→C | 12.4% | intergenic (+32/‑98) | USA300HOU_RS06640 → / → USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,343,619 | 0 | A | C | 12.4% | 632.2 / 71.4 | 202 | intergenic (+32/‑98) | USA300HOU_RS06640/USA300TCH1516_01248 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (75/102); new base C (15/10); total (90/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGT > USA300TCH1516_ALE/1343530‑1343709 | aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACAtt < 1:2971741/91‑2 (MQ=255) aCATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtg > 1:870107/1‑91 (MQ=255) aTAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtgtg > 1:2848747/1‑91 (MQ=255) aTAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAAtgtg > 1:546764/1‑91 (MQ=255) tAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGa < 1:2303823/91‑1 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGaa < 1:3583648/91‑1 (MQ=255) aaaTACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGaa < 1:1186866/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGt < 1:2542884/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCACATTTGAAGGt < 1:1160910/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGt < 1:1505265/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGt < 1:172862/91‑1 (MQ=255) tACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGt < 1:4024584/91‑1 (MQ=255) tAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAt < 1:2743970/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAtt > 1:1467215/1‑91 (MQ=255) aGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAtt > 1:1665016/1‑91 (MQ=255) aaaGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTAttttt < 1:1828896/91‑1 (MQ=255) gggCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAt > 1:3060331/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAtt < 1:1683616/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTg > 1:3842798/1‑91 (MQ=255) gCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTg > 1:205254/1‑91 (MQ=255) cTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGc > 1:1495721/1‑91 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAATTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 1:3707181/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 1:1530218/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc < 1:3526896/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGcc > 1:2685040/1‑91 (MQ=255) aTTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGccc > 1:159987/1‑91 (MQ=255) ttCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaa < 1:1955065/91‑1 (MQ=255) tCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaaa > 1:3029656/1‑91 (MQ=255) tCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaaa < 1:4066737/91‑1 (MQ=255) tCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCaaa > 1:876946/1‑91 (MQ=255) tGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACg < 1:41702/91‑1 (MQ=255) tGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACg < 1:943323/91‑1 (MQ=255) gAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGTAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGt > 1:418512/1‑91 (MQ=255) tGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtga < 1:3016351/91‑1 (MQ=255) tGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtga < 1:1039898/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAGCCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatg < 1:3290874/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatg < 1:286801/91‑1 (MQ=255) aCTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCtgatga > 1:2719534/1‑91 (MQ=255) tCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACa < 1:413622/91‑1 (MQ=255) tAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACAttt < 1:2050263/91‑1 (MQ=255) tAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACAttt < 1:3336307/91‑1 (MQ=255) tAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACAttt < 1:622357/91‑1 (MQ=255) gCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTa > 1:1939612/1‑91 (MQ=255) cATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTaa < 1:2678093/91‑1 (MQ=255) tGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTaaaa > 1:71141/1‑91 (MQ=255) ggggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAg < 1:902334/91‑1 (MQ=255) ggggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAg > 1:3099477/1‑91 (MQ=255) gggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGc < 1:1243531/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 1:1549936/91‑1 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa > 1:2751410/1‑91 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa > 1:1910414/1‑91 (MQ=255) ggATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCa < 1:1298341/91‑1 (MQ=255) gATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCaa > 1:2548171/1‑91 (MQ=255) gATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCaa > 1:1908622/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAg < 1:739088/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGt < 1:112619/91‑1 (MQ=255) aagaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTAt < 1:2432784/91‑1 (MQ=255) agaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATg > 1:2910334/1‑91 (MQ=255) agaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAAGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATg > 1:832023/1‑91 (MQ=255) gaaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATgg > 1:1740610/1‑91 (MQ=255) aaagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGa < 1:862834/91‑1 (MQ=255) aagTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGaa > 1:218528/1‑91 (MQ=255) agTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAat > 1:343127/1‑91 (MQ=255) tttACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAatat < 1:919344/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa < 1:1544140/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa < 1:1094049/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa < 1:364034/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa < 1:2762114/91‑1 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa > 1:1285000/1‑91 (MQ=255) tACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCa > 1:1285104/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAg < 1:237869/91‑1 (MQ=255) aCTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAg < 1:729988/91‑1 (MQ=255) tttAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTc > 1:1005583/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGa < 1:3169719/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa < 1:3238825/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa > 1:1918351/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa > 1:736614/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa > 1:72763/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa < 1:1135985/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa > 1:1462410/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACa > 1:3667136/1‑91 (MQ=255) aTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCTGTCGACAGAc < 1:497572/91‑1 (MQ=255) aTTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGAc < 1:355682/91‑1 (MQ=255) ttttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACt < 1:818547/91‑1 (MQ=255) ttttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACt < 1:1410918/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:3830077/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta < 1:2652633/91‑1 (MQ=255) aatAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:314605/3‑91 (MQ=39) aatAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:3143116/3‑91 (MQ=39) aatAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACta > 1:3047803/3‑91 (MQ=39) atAACCTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtat > 1:1587252/2‑91 (MQ=255) tAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACtata > 1:1787209/1‑91 (MQ=255) aaCCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATaa > 1:452472/1‑91 (MQ=255) aCCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATaaa > 1:1634317/1‑91 (MQ=255) ccTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAAc > 1:2555395/1‑91 (MQ=255) ccTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAAc > 1:1121979/1‑91 (MQ=255) ccTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAAc < 1:160692/91‑1 (MQ=255) cTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACg > 1:3606698/1‑91 (MQ=255) cTTCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACg > 1:1695309/1‑91 (MQ=255) ttCACATTTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACgg > 1:3883852/1‑91 (MQ=255) | ATACATAAATACTAGTAAAGGGCTATTTCCTGAATCTGAACTCGTAGCATGGGGATAAAGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTATTGCCCAAAACGTGCTGATGACATTTTAAAAGCAAGTATGGAATATCAGTCGACAGACTATAAACGGAGGT > USA300TCH1516_ALE/1343530‑1343709 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |