Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,362,249 | A→T | 9.2% | intergenic (‑181/+37) | USA300TCH1516_01271 ← / ← lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,362,249 | 0 | A | T | 9.2% | 444.9 / 28.3 | 131 | intergenic (‑181/+37) | USA300TCH1516_01271/lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/59); new base T (2/10); total (62/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ATATAAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTATGAGAATTTATTTATTTTTGATTGTCATAATCGTGTGGTTTTAAATTAATTGTTTCTAGCTTTAC > USA300TCH1516_ALE/1362160‑1362339 | atatAAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCtat < 1:2756221/91‑1 (MQ=255) atatAAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCtat > 1:3983861/1‑91 (MQ=255) atatAAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCtat > 1:2152785/1‑91 (MQ=255) atatAAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCtat > 1:1964986/1‑91 (MQ=255) ataAACAGAATACTAGTTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAg < 1:3152787/91‑1 (MQ=255) ataAACAGAATACTAGTCAATACACTTTATACAAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAg < 1:3553229/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |