Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,362,267 | C→T | 7.3% | intergenic (‑199/+19) | USA300TCH1516_01271 ← / ← lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,362,267 | 0 | C | T | 7.3% | 489.6 / 20.0 | 151 | intergenic (‑199/+19) | USA300TCH1516_01271/lysP_1 | hypothetical protein/Lysine‑specific permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/71); new base T (6/5); total (75/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TTAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGCCGTATGAGAATTTATTTATTTTTGATTGTCATAATCGTGTGGTTTTAAATTAATTGTTTCTAGCTTTACAAATTTTGTTTTGTGAAT > USA300TCH1516_ALE/1362178‑1362357 | ttAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCt < 1:2929473/91‑1 (MQ=255) tAATACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTg > 1:1389657/1‑91 (MQ=255) aaTACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAAATGCTATAGATAATCTAAAGCATCTGc < 1:4105932/91‑1 (MQ=255) aTACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAGATGCTTTAGATTATCTATAGCATTTGcc < 1:697936/91‑1 (MQ=25) aTACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAGATGCTTTAGATTATCTATAGCATTTGcc < 1:698011/91‑1 (MQ=25) aTACACTTTATACTAGAAAAAGATATTAAAGTATATCTGCTTTACACCATTAAAAAGCGGCAGATGCTTTAGATTATCTATAGCATTTGcc < 1:698024/91‑1 (MQ=25) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |