| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,366,121 | A→T | 10.3% | intergenic (+420/‑34) | rpmG2_1 → / → rpsN2 | 50S ribosomal protein L33 2/Alternate 30S ribosomal protein S14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,366,121 | 0 | A | T | 10.3% | 386.2 / 29.4 | 117 | intergenic (+420/‑34) | rpmG2_1/rpsN2 | 50S ribosomal protein L33 2/Alternate 30S ribosomal protein S14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/65); new base T (8/4); total (48/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TAAATATGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTAATAATTACGATTTGATAAAAAGTGAGGTAACTATATATGGCTAAGAAATCTAAAATAGCAAAAGAGAGAAAAAGAGAAGAGTTAGTAAAT > USA300TCH1516_ALE/1366031‑1366208 | tAAATATGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGtaata < 1:3204873/91‑1 (MQ=255) aaTATGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTaataat < 1:992500/91‑1 (MQ=255) aaTATGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTaataat < 1:992160/91‑1 (MQ=255) aaTATGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTaataat < 1:992159/91‑1 (MQ=255) tatGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTAAttatta < 1:1026589/91‑1 (MQ=255) tatGATGGTTTAGAAAATGATTTAACAAAGAAATGAAACTTTACTGTTGAATTATGTGAGGATTGTGTTATTATATAAATCGTAAttatta < 1:2916466/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |