Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,368,902 | A→T | 7.5% | intergenic (+306/+74) | USA300TCH1516_01277 → / ← lexA_1 | hypothetical protein/LexA repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,368,902 | 0 | A | T | 7.5% | 458.7 / 20.9 | 133 | intergenic (+306/+74) | USA300TCH1516_01277/lexA_1 | hypothetical protein/LexA repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/52); new base T (2/8); total (73/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGTACA > USA300TCH1516_ALE/1368813‑1368992 | tttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTaa < 1:2880396/91‑1 (MQ=255) tttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTaa < 1:3519285/91‑1 (MQ=255) ttATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAAc < 1:2886586/91‑1 (MQ=255) tataTTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTAcg < 1:3768748/91‑2 (MQ=255) tatTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACttt > 1:3640370/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtttt > 1:2030399/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACtttt > 1:828929/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACttttt > 1:3167382/1‑91 (MQ=255) tAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTc < 1:2711839/91‑1 (MQ=255) tAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTc < 1:601476/91‑1 (MQ=39) aaaGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCa < 1:3711016/91‑1 (MQ=39) aaaGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCa < 1:2920782/91‑1 (MQ=39) aaaGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCa < 1:3710260/91‑1 (MQ=39) aTGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAgg < 1:2151677/91‑1 (MQ=255) tGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCAAGAGGt < 1:2189709/91‑1 (MQ=38) tGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTGTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGt < 1:1539200/91‑1 (MQ=255) gagaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTc > 1:2340970/1‑91 (MQ=255) gagaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTc > 1:4022615/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:218400/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:516127/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:266982/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:2548663/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:218483/1‑91 (MQ=255) agaTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTcc > 1:1674274/1‑91 (MQ=255) aTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaa > 1:3763874/1‑91 (MQ=255) aTTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCaa > 1:3763943/1‑91 (MQ=255) cTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAAttt > 1:2608438/1‑91 (MQ=255) aaCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtat > 1:2130909/1‑91 (MQ=255) aCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtata > 1:2947780/1‑91 (MQ=255) aCAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTtata > 1:3663573/1‑91 (MQ=255) cAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaa > 1:1488994/1‑91 (MQ=255) cAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaa < 1:25460/91‑1 (MQ=255) cAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaa < 1:25817/91‑1 (MQ=255) aaTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaa > 1:917700/1‑91 (MQ=255) aTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaa < 1:3704805/91‑1 (MQ=255) aTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaa < 1:3704842/91‑1 (MQ=255) aTTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaa < 1:1819205/91‑1 (MQ=255) ttCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATaaaaa < 1:2833164/91‑1 (MQ=255) cGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATg < 1:4069990/91‑1 (MQ=255) cGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATg < 1:3356870/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAg > 1:898763/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAg > 1:1739400/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAg < 1:2361855/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAg < 1:2361748/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAg > 1:700727/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAgg > 1:585622/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAgg > 1:3627403/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAgg > 1:1061998/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAgg > 1:1742902/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAgg > 1:1742967/1‑91 (MQ=255) tttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGc < 1:1241386/91‑1 (MQ=255) tttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGc > 1:92256/1‑91 (MQ=255) tttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGc > 1:3723410/1‑91 (MQ=255) ttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCt < 1:2851702/91‑1 (MQ=255) ttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCt < 1:4066479/91‑1 (MQ=255) ttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCt < 1:3423114/91‑1 (MQ=255) ttCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCCCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCt < 1:4066406/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCtt < 1:2551543/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCtt > 1:3478270/1‑91 (MQ=255) gTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAAc < 1:2885509/91‑1 (MQ=255) tttGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACa > 1:939530/1‑91 (MQ=255) tGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAAt < 1:1677455/91‑1 (MQ=255) tGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAAt > 1:2121555/1‑91 (MQ=255) tGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAAt > 1:3234985/1‑91 (MQ=255) aCTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTAc < 1:883362/91‑1 (MQ=255) aCTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTGATAAAAATGAGGGCTTAACAATTAc > 1:3865559/1‑91 (MQ=255) tGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGa > 1:23683/1‑91 (MQ=255) aaTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGata < 1:2966188/91‑1 (MQ=255) aaTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGata < 1:2966217/91‑1 (MQ=255) aaTTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGata > 1:491360/1‑91 (MQ=255) agattagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAatata < 1:1387788/91‑1 (MQ=255) attagaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAAtatata < 1:1100596/91‑1 (MQ=255) agaATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACg > 1:686336/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGttt < 1:854126/91‑1 (MQ=255) aaataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTa > 1:1692383/1‑91 (MQ=255) aaataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTa < 1:533804/91‑1 (MQ=255) aataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaa > 1:1279853/1‑91 (MQ=255) aataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaa > 1:1504973/1‑91 (MQ=255) ataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaaa < 1:2928006/91‑1 (MQ=255) ataaaACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTaaa > 1:1866332/1‑91 (MQ=255) aaaaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCACAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAat > 1:3508702/1‑91 (MQ=255) aaaaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAat > 1:4032743/1‑91 (MQ=255) aaaaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAat > 1:764029/1‑91 (MQ=255) aaaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAata < 1:1428102/91‑1 (MQ=255) gaCCTCTTGAAAAAGTTACGTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat > 1:1070025/2‑91 (MQ=37) aaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat > 1:274149/1‑91 (MQ=255) aaCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAatat < 1:1309822/91‑1 (MQ=255) aCCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATAtt > 1:1478986/1‑91 (MQ=255) ccTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTa < 1:1153700/91‑1 (MQ=255) ccTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTa < 1:942451/91‑1 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt > 1:4039591/1‑91 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt > 1:665623/1‑91 (MQ=255) ctTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAt < 1:90668/91‑1 (MQ=255) ttGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAtt > 1:793525/1‑91 (MQ=255) ttGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACAtt > 1:2849178/1‑91 (MQ=255) gAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTc > 1:3902178/1‑91 (MQ=255) aaaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgc > 1:1770612/1‑91 (MQ=255) aaaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgc < 1:1271853/91‑1 (MQ=255) aaCGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTcgcg < 1:3168308/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGTACa < 1:3427191/91‑1 (MQ=255) | TTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGTACA > USA300TCH1516_ALE/1368813‑1368992 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |