| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 5,779 | C→T | 11.1% | intergenic (+296/‑1192) | cadX → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 5,779 | 0 | C | T | 11.1% | 1239.0 / 106.9 | 424 | intergenic (+296/‑1192) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (234/143); new base T (39/8); total (273/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 448 total aligned reads displayed.
CTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTG > CP000731/5689‑5869 | ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac < 1:3515959/91‑1 (MQ=255)ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac > 1:2692417/1‑91 (MQ=255)ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac > 1:414707/1‑91 (MQ=255) TGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactact > 1:1572618‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTg > 1:165419‑M1/1‑91 (MQ=255) ttgcgtttactaagccaataagtataatacgcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGc > 1:3649294‑M2/37‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |