| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 79,612 | A→T | 8.4% | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_RS00355 → / → cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 79,612 | 0 | A | T | 8.4% | 441.1 / 24.2 | 131 | intergenic (+221/‑39) | USA300HOU_RS00355/cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/68); new base T (5/6); total (57/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GTCTCGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGAT > USA300TCH1516_ALE/79522‑79701 | tctcGCGACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAAc > 1:2301961/1‑91 (MQ=255) gcgACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTaa < 1:2059546/91‑1 (MQ=255) gACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatt < 1:2782414/91‑1 (MQ=255) aCCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAATCGTAataa < 1:133760/91‑3 (MQ=255) aCCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatta < 1:3030167/91‑1 (MQ=255) ccACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGGCTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattat < 1:1325281/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |