Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,415,013 | 0 | C | G | 5.1% | 423.2 / 9.6 | 118 | intergenic (+24/+24) | yitU_2/mqo | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU/malate:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/52); new base G (3/3); total (63/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TAAAATCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTATCAATCGATAGGGGCTATTTTAATAAAATTCGTCCTCGAACATTTCTTCCTCTTCATCTAATCCAAATAATTCTGCCATTTCTCCA > USA300TCH1516_ALE/1414926‑1415103 | tAAAATCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCAtt > 1:729483/1‑91 (MQ=255) gaaaaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAACTAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCAtt < 1:2382154/90‑1 (MQ=255) aaTCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTATc < 1:901716/91‑1 (MQ=255) tCAAACACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCAAATGATAATCATTATCaa > 1:3410207/1‑91 (MQ=255) aaaCACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCGATTGATAATGATTATCattt < 1:2093084/91‑4 (MQ=38) aaaCACATCAATAATAATGCACAAGCTATTTGCAAAGTCTTAAAATCATATAAATAAAAACACCCCTATCGATTGATAATGATTATCattt < 1:1586906/91‑4 (MQ=38) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |