| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,421,700 | T→A | 5.8% | intergenic (+136/+4) | pepF1_2 → / ← phoU | Oligoendopeptidase F, plasmid/Phosphate‑specific transport system accessory protein PhoU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,421,700 | 0 | T | A | 5.8% | 300.5 / 8.0 | 89 | intergenic (+136/+4) | pepF1_2/phoU | Oligoendopeptidase F, plasmid/Phosphate‑specific transport system accessory protein PhoU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/54); new base A (2/3); total (32/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TACTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGTTATTGTTCGTAATGTGTACCTGTTAAATAAAAATAAACACTTTCAGCGATGTTAATAATATGATCACCAATACGTTCTAAATGTCT > USA300TCH1516_ALE/1421613‑1421790 | tACTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAg < 1:2036180/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGt < 1:1229476/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGt < 1:3802755/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGt < 1:359269/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGt < 1:303109/91‑1 (MQ=255) aCTAATTGTGAGAATCTTGGTTTTTTTGAGGGTTTATGAATAATAGAAATATATATTTATCGTAAGGGATTTTATAGTAATAACTTTAAGt < 1:302587/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |