| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,430,691 | C→G | 8.6% | intergenic (+800/‑60) | ybiT → / → lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,430,691 | 0 | C | G | 8.6% | 318.0 / 18.8 | 93 | intergenic (+800/‑60) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/37); new base G (6/2); total (54/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
GTTGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGC > USA300TCH1516_ALE/1430603‑1430780 | gttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCAt > 1:2359147/1‑91 (MQ=255)gttgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCAt < 1:4055094/91‑1 (MQ=255) tgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTc > 1:684797/1‑91 (MQ=255) tgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTc > 1:2755557/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGTGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:1359152/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:289950/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:3175638/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGaa > 1:2777152/1‑91 (MQ=255) tttttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAAc < 1:1669414/91‑1 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACtt < 1:1581874/91‑1 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACtt < 1:430089/91‑1 (MQ=255) tttGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAACAAGTTCGGAATGCGAACtt < 1:723888/91‑1 (MQ=38) tGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAACAAGTTCGGAATGCGAACTTgc < 1:1121874/91‑2 (MQ=38) ggTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGtt > 1:65988/1‑91 (MQ=255) tAATAGCTGAGAGTGTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCtt < 1:3739455/91‑1 (MQ=255) aaGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCttt > 1:1634450/1‑91 (MQ=255) aaGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCttt > 1:1634460/1‑91 (MQ=255) aaGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCttt < 1:1276112/91‑1 (MQ=255) agagCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCtttt > 1:1122421/1‑91 (MQ=255) gagCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCttttt > 1:3924175/1‑91 (MQ=255) gCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCttttttt > 1:1647610/1‑91 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3376860/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat > 1:3610194/1‑91 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3674139/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat > 1:3976365/1‑91 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:570148/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat > 1:2238494/1‑91 (MQ=255) tGAGAGTGTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3673732/91‑1 (MQ=255) agTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTattatt > 1:1765444/1‑91 (MQ=255) gTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtg < 1:2627891/91‑1 (MQ=255) tttGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgt < 1:2851990/91‑1 (MQ=255) tGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgtgt < 1:2394352/91‑1 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGc > 1:4028433/1‑91 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTACTATTGTGTGc < 1:2103412/91‑1 (MQ=255) tCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTCTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTATTTATTATTGTGTGc < 1:3535518/91‑1 (MQ=255) cATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGcc > 1:1104903/1‑91 (MQ=255) cATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACGTGTATATAGATTAAGAGCAAGTACGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGcc > 1:1104859/1‑91 (MQ=255) ttattTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCt > 1:1907716/1‑91 (MQ=255) ttattTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCt > 1:1525695/1‑91 (MQ=255) tttAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTcc < 1:1031555/91‑1 (MQ=255) ttttaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCt > 1:2676930/5‑91 (MQ=255) tttaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTa > 1:768874/4‑91 (MQ=255) tAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTa < 1:2064322/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTaa < 1:22575/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAAc > 1:3756444/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAAc < 1:3816630/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTACCCTTCCTAAc > 1:3756837/1‑91 (MQ=255) taatGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAAtt < 1:3655044/91‑1 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:3734306/1‑91 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:3734471/1‑91 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:110508/1‑91 (MQ=255) tGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagg < 1:1173663/91‑1 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga < 1:3543841/91‑1 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 1:2204028/1‑91 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 1:1600068/1‑91 (MQ=255) gTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAggagga < 1:1745048/91‑1 (MQ=255) cATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATta < 1:2926513/91‑1 (MQ=255) tCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATtata < 1:1320004/91‑1 (MQ=255) aCTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATg > 1:2937455/1‑91 (MQ=255) cTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATgg < 1:3016440/91‑1 (MQ=255) ttGTATATAGATCAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGt > 1:3204983/1‑91 (MQ=255) gTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTaa < 1:695048/91‑1 (MQ=255) tatataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAAc > 1:2228606/1‑91 (MQ=255) tatataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAAc > 1:2228759/1‑91 (MQ=255) tataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaa > 1:3754857/1‑91 (MQ=255) ataGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTTCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaag < 1:3490705/91‑1 (MQ=255) taGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaaga < 1:1390428/91‑1 (MQ=255) gATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACaagaag > 1:3070552/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtg > 1:104845/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgt > 1:3663336/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgt > 1:3664335/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgt > 1:3665118/1‑91 (MQ=255) aaGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAgtgtg < 1:4128939/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt > 1:1216437/1‑91 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt < 1:1756264/91‑1 (MQ=255) gagCAAGTTCGCATTCAGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGtt > 1:2961492/1‑91 (MQ=255) agCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTg < 1:1054907/91‑1 (MQ=255) aacAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTg > 1:2920659/3‑91 (MQ=37) acAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGa > 1:3778994/2‑91 (MQ=38) acAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGa > 1:3778746/2‑91 (MQ=38) cAAGTTCGGAATGCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaa > 1:3441931/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCGGAATGCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaa > 1:3441380/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCGGAATGCGAACTTGCTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaa > 1:1776164/1‑91 (MQ=38) cAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGaa > 1:1999784/1‑91 (MQ=255) gTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAAtt > 1:4004988/1‑91 (MQ=255) gTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAAtt > 1:744322/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg > 1:572932/1‑91 (MQ=255) tCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTg < 1:1688762/91‑1 (MQ=255) cGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTgg < 1:2272585/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:3260138/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:1431280/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:1431262/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc > 1:94576/1‑91 (MQ=255) | GTTGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGC > USA300TCH1516_ALE/1430603‑1430780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |