Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,430,695 | C→G | 9.0% | intergenic (+804/‑56) | ybiT → / → lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,430,695 | 0 | C | G | 9.0% | 303.0 / 19.0 | 89 | intergenic (+804/‑56) | ybiT/lysC | putative ABC transporter ATP‑binding protein YbiT/Aspartokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/36); new base G (6/2); total (51/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
TGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGGATC > USA300TCH1516_ALE/1430605‑1430785 | tgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTc > 1:2755557/1‑91 (MQ=255) tgGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTc > 1:684797/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGTGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:1359152/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:289950/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGa > 1:3175638/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGaa > 1:2777152/1‑91 (MQ=255) 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tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3376860/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3674139/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:570148/91‑1 (MQ=255) tGAGAGTGTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTttat < 1:3673732/91‑1 (MQ=255) agTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTattatt > 1:1765444/1‑91 (MQ=255) gTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtg < 1:2627891/91‑1 (MQ=255) tttGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgt < 1:2851990/91‑1 (MQ=255) tGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATtgtgt < 1:2394352/91‑1 (MQ=255) 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atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:3734306/1‑91 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:3734471/1‑91 (MQ=255) atGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTag > 1:110508/1‑91 (MQ=255) tGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagg < 1:1173663/91‑1 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 1:1600068/1‑91 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga > 1:2204028/1‑91 (MQ=255) ggAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTagga < 1:3543841/91‑1 (MQ=255) gTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAggagga < 1:1745048/91‑1 (MQ=255) 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cGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTgg < 1:2272585/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:3260138/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:1431280/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc < 1:1431262/91‑1 (MQ=255) gCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGc > 1:94576/1‑91 (MQ=255) ccGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGGatc > 1:133770/1‑91 (MQ=255) | TGGACTTTTTGGTTAAGAGCTGAGAGTTTGTCATTATTTAAAAATAATGGAGTGCATCACTTGTATATAGATTAAGAGCAAGTTCGCATTCCGAACTTGTTCTTTTTTTATTATTGTGTGCCCTTCCTAACAATTAGGAGGATTATATGGTAACAAGAAGTGTGTTGAAATTTGGCGGATC > USA300TCH1516_ALE/1430605‑1430785 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |