Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,439,789 | C→A | 5.4% | intergenic (‑146/+51) | USA300HOU_RS07135 ← / ← cspA_2 | hypothetical protein/Cold shock protein CspA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,439,789 | 0 | C | A | 5.4% | 427.3 / 11.0 | 125 | intergenic (‑146/+51) | USA300HOU_RS07135/cspA_2 | hypothetical protein/Cold shock protein CspA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/53); new base A (3/3); total (67/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GCAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTC > USA300TCH1516_ALE/1439700‑1439878 | cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt > 1:3262953/1‑91 (MQ=255) cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt < 1:1949404/91‑1 (MQ=255) cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt < 1:1639825/91‑1 (MQ=255) cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt < 1:2600886/91‑1 (MQ=255) cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt > 1:3263067/1‑91 (MQ=255) cAAACAATGTTGGTGATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCt < 1:1314419/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |