| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,439,806 | G→C | 13.3% | intergenic (‑163/+34) | USA300HOU_RS07135 ← / ← cspA_2 | hypothetical protein/Cold shock protein CspA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,439,806 | 0 | G | C | 13.3% | 331.9 / 37.2 | 114 | intergenic (‑163/+34) | USA300HOU_RS07135/cspA_2 | hypothetical protein/Cold shock protein CspA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/46); new base C (13/2); total (62/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACTTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1439716‑1439896 | atatAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACAGCTTACTTCTTGGTAAgg < 1:80283/91‑1 (MQ=255)atatAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAgg < 1:578040/91‑1 (MQ=255) taAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGgtgt > 1:2427616/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTgtta > 1:1057461/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTATGGTgttagt < 1:59632/91‑1 (MQ=255) aaaaGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTgttagt > 1:3385028/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTgttagtt > 1:1835073/1‑91 (MQ=255) agTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTaaaa > 1:3428329/1‑91 (MQ=255) gTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAAt > 1:816893/1‑91 (MQ=255) gTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAAt > 1:632380/1‑91 (MQ=255) gTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAAt > 1:911853/1‑91 (MQ=255) gTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAAt > 1:1404141/1‑91 (MQ=255) ttCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATc < 1:126301/91‑1 (MQ=255) ttCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATc < 1:4113903/91‑1 (MQ=255) aTTTGGTTGAGCAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGAt < 1:3768696/91‑1 (MQ=255) tttGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGAtt > 1:1813263/1‑91 (MQ=255) ttGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTc < 1:908697/91‑1 (MQ=255) tGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCa > 1:2544795/1‑91 (MQ=255) gTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCaaa > 1:3591222/1‑91 (MQ=255) ttGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAAt > 1:2526047/1‑91 (MQ=255) ttGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAAt > 1:3287112/1‑91 (MQ=255) ttGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTATTAGTTAAAATCAATGATTCAAAt > 1:3873053/1‑91 (MQ=255) ttGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGATGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAAt < 1:2564005/91‑1 (MQ=255) tGAGAAACTCGTCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATc > 1:347401/1‑91 (MQ=255) gagaAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCt > 1:2102283/1‑91 (MQ=255) gagaAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCt < 1:1700908/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGCTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTa < 1:1729759/91‑1 (MQ=255) aCTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGaa < 1:3094451/91‑1 (MQ=255) cTCATCGCGTTAATTATGTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGTTTCAAATCTAAGAAt < 1:1440549/91‑1 (MQ=255) cTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAAt < 1:309608/91‑1 (MQ=255) cTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAAt < 1:309356/91‑1 (MQ=255) tCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAAtt < 1:1667917/91‑1 (MQ=255) tCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAAtt < 1:758486/91‑1 (MQ=255) cgcgTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAATCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAg > 1:470844/1‑91 (MQ=255) cgcgTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAg > 1:470826/1‑91 (MQ=255) cgcgTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACAACTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAg < 1:2645466/91‑1 (MQ=255) gcgTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGt > 1:1825621/1‑91 (MQ=255) cgTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGtt < 1:1600834/91‑1 (MQ=255) gTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGttt < 1:629695/91‑1 (MQ=255) tAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTaa < 1:1540774/91‑1 (MQ=255) tAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTaa < 1:3399758/91‑1 (MQ=255) aaGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTaac > 1:160580/1‑91 (MQ=255) aGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTaaca > 1:4124076/1‑91 (MQ=255) gTATTTGTAATAAGCATATAAAAACAGCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTaacaa > 1:2167624/1‑91 (MQ=255) aTTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACg < 1:1183183/91‑1 (MQ=255) tttGTAATAAGCATATAAAAACAGCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGt > 1:1758295/1‑91 (MQ=255) tttGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGt < 1:182952/91‑1 (MQ=255) tttGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGt < 1:1533566/91‑1 (MQ=255) tttGTAATAAGCATATAAAAACAACTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGt > 1:2282722/1‑91 (MQ=255) tGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGttt > 1:2560540/1‑91 (MQ=255) tGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGttt < 1:360315/91‑1 (MQ=255) tGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGttt > 1:2585370/1‑91 (MQ=255) gTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTg < 1:3119713/91‑1 (MQ=255) gTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTg > 1:3639905/1‑91 (MQ=255) gTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTg < 1:3040414/91‑1 (MQ=255) taataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGc > 1:3674414/1‑91 (MQ=255) taataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGc > 1:2510088/1‑91 (MQ=255) taataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGc > 1:3673949/1‑91 (MQ=255) ataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAg < 1:64416/91‑1 (MQ=255) ataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAg < 1:2647487/91‑1 (MQ=255) ataaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAg > 1:1635415/1‑91 (MQ=255) ataaGCATATAAAAACAACTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAg > 1:1324984/1‑91 (MQ=255) taaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGc < 1:1512721/91‑1 (MQ=255) aaGCCTATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCt < 1:3471764/91‑1 (MQ=255) aaGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCt < 1:4096387/91‑1 (MQ=255) aGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCtc > 1:1980797/1‑90 (MQ=255) aGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCtt > 1:3415834/1‑91 (MQ=255) cATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTtgt > 1:2515066/1‑91 (MQ=255) cATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTtgt > 1:4009997/1‑91 (MQ=255) atatAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTtgtg > 1:3883946/1‑91 (MQ=255) tataAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTgg > 1:3883024/1‑91 (MQ=255) ataAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGa > 1:1003425/1‑91 (MQ=255) taAAAACAACTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGAc < 1:3404530/91‑1 (MQ=255) aaaaaCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGAcc > 1:1341092/1‑91 (MQ=255) aaaaCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACcg > 1:3790503/1‑91 (MQ=255) aaaaCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACcg > 1:2211438/1‑91 (MQ=255) aaaCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACcgc < 1:3135984/91‑1 (MQ=255) aaCACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGATTGTGGACcgcg < 1:3189154/91‑1 (MQ=255) cacCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGt < 1:4107656/91‑1 (MQ=255) acCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTc > 1:1515719/1‑91 (MQ=255) acCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTc < 1:2267253/91‑1 (MQ=255) acCTTACTTCTTGCTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTc < 1:2159537/91‑1 (MQ=255) aacTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTc < 1:852957/89‑1 (MQ=255) ttACTTCTTGGTATGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGcc < 1:2738661/91‑1 (MQ=255) ttACTTCTTGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGcc > 1:674455/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGTTTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTTGACCGCGGTCGCCtt < 1:3537608/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCtt < 1:718310/91‑1 (MQ=255) cttcttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTc < 1:2944147/91‑1 (MQ=255) cttcttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTc > 1:1891484/1‑91 (MQ=255) tcttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCaa > 1:1764224/1‑91 (MQ=255) cttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAac > 1:2769074/1‑91 (MQ=255) cttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAac < 1:3697720/91‑1 (MQ=255) ttGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAACTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAact < 1:3735045/91‑1 (MQ=255) tGGTAAGCTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAacta > 1:2258979/1‑91 (MQ=255) gTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAactact > 1:3233346/1‑91 (MQ=255) tAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACtt < 1:2604343/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACtt < 1:2604697/91‑1 (MQ=255) gtgtTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACATCGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACTTCaaa > 1:4137854/1‑91 (MQ=255) gtgtTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACTTCaaa > 1:571905/1‑91 (MQ=255) gtgtTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACTTCaaa > 1:4137674/1‑91 (MQ=255) | ATATAAAAAAAGAGTTCTCAATTTGGTTGAGAAACTCATCGCGTTAAGTATTTGTAATAAGCATATAAAAACACCTTACTTCTTGGTAAGGTGTTAGTTAAAATCAATGATTCAAATCTAAGAATTATAGTTTAACAACGTTTGCAGCTTGTGGACCGCGGTCGCCTTCAACTACTTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1439716‑1439896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |