| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 79,619 | T→A | 9.1% | intergenic (+228/‑32) | USA300HOU_RS00355 → / → cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 79,619 | 0 | T | A | 9.1% | 441.8 / 26.6 | 132 | intergenic (+228/‑32) | USA300HOU_RS00355/cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/66); new base A (7/5); total (61/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGC > USA300TCH1516_ALE/79529‑79709 | gACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatt < 1:2782414/91‑1 (MQ=255) ccACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGGCTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattat < 1:1325281/91‑1 (MQ=255) cacaGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 1:3296762/91‑1 (MQ=255) cacaGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 1:1247675/91‑1 (MQ=255) cacaGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 1:1288496/91‑1 (MQ=255) acaGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAAttatta > 1:3640174/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |