Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,476,685 | T→A | 12.2% | M8447L (ATG→TTG) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,476,685 | 0 | T | A | 12.2% | 303.8 / 29.3 | 98 | M8447L (ATG→TTG) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/36); new base A (3/9); total (53/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGTTT > USA300TCH1516_ALE/1476595‑1476774 | aGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCAt < 1:2149542/91‑1 (MQ=255) gTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCAtt < 1:3122502/91‑1 (MQ=255) gTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCAtt < 1:3122654/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTg < 1:3666528/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTg < 1:2896496/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTg < 1:1647661/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTg < 1:1647215/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGc > 1:4121192/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 1:2392413/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 1:2392483/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 1:3117676/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGc < 1:2139859/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGca < 1:3778961/91‑2 (MQ=255) tgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGcat < 1:168795/91‑3 (MQ=255) tgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGcat < 1:671478/91‑3 (MQ=255) tgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGcat < 1:1270419/91‑3 (MQ=255) tgttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCAAGCAATGcat < 1:3086940/91‑3 (MQ=255) ttgCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTgg > 1:2183550/1‑91 (MQ=255) gCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGtt > 1:1582090/1‑91 (MQ=255) ctctGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTa < 1:3584235/91‑1 (MQ=255) ctctGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTa > 1:1338087/1‑91 (MQ=255) tGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCCTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGc > 1:3874619/1‑91 (MQ=255) ggTTGACCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCg > 1:3221400/1‑91 (MQ=255) gTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATACTTTCTCTTAAGCCATGCATTGCTTGGTTAAGCGt < 1:2411110/91‑1 (MQ=255) tGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTTGTTAAGCGTAt < 1:2295196/91‑1 (MQ=255) gATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTAtt > 1:2516946/1‑91 (MQ=255) aTCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTc > 1:3715099/1‑91 (MQ=255) aTCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTc > 1:2546713/1‑91 (MQ=255) tCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCg < 1:1695953/91‑1 (MQ=255) ttCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCa > 1:2386901/1‑91 (MQ=255) cGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAtt < 1:60221/91‑1 (MQ=255) gTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAttt < 1:1961254/91‑1 (MQ=255) gTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAttt < 1:1371317/91‑1 (MQ=255) gTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCAttt < 1:1094694/91‑1 (MQ=255) tGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTg > 1:3108345/1‑91 (MQ=255) atatatTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGtt < 1:3251751/91‑1 (MQ=255) atatTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCa > 1:761247/1‑91 (MQ=255) tttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAtt > 1:528385/1‑91 (MQ=255) tttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAtt > 1:1307012/1‑91 (MQ=255) tttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAtt > 1:237627/1‑91 (MQ=255) ttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAttt > 1:2956811/1‑91 (MQ=255) ttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAttt > 1:1376190/1‑91 (MQ=255) ttgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGATTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAAttt > 1:112892/1‑91 (MQ=255) tgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtg > 1:3299731/1‑91 (MQ=255) tgctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCGTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtg > 1:1964803/1‑91 (MQ=255) gctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtga < 1:2289939/91‑1 (MQ=255) gctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtga < 1:2289767/91‑1 (MQ=255) gctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtga < 1:2289273/91‑1 (MQ=255) gctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtga < 1:3967567/91‑1 (MQ=255) ctatttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTATCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTtgat > 1:3507254/1‑91 (MQ=255) ttgctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAAc > 1:12133/1‑91 (MQ=255) gctTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTg < 1:314210/91‑1 (MQ=255) ttAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAg > 1:4110281/1‑91 (MQ=255) tAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGt > 1:1893325/1‑91 (MQ=255) gTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTa > 1:4104438/1‑91 (MQ=255) gTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTa > 1:269403/1‑91 (MQ=255) gTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTa > 1:1196197/1‑91 (MQ=255) ttGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTAc < 1:3809082/91‑1 (MQ=255) tgctgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACt < 1:705479/91‑1 (MQ=255) tgctgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACt < 1:2045402/91‑1 (MQ=255) gctgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTa < 1:3645831/91‑1 (MQ=255) tgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTaaa > 1:1507819/1‑91 (MQ=255) tgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTaaa < 1:3619678/91‑1 (MQ=255) tgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTaaa > 1:2569021/1‑91 (MQ=255) tgcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGCTACTaaa > 1:2067416/1‑91 (MQ=255) gcGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAg > 1:256648/1‑91 (MQ=255) cGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGt > 1:1673477/1‑91 (MQ=255) gTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGtt > 1:486372/1‑91 (MQ=255) cTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTAGTAAAGTTGCAGc < 1:3204838/91‑1 (MQ=255) cTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTAGTAAAGTTGCAGc < 1:3205405/91‑1 (MQ=255) cTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGc < 1:83780/91‑1 (MQ=255) cTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCACATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGc > 1:2400368/1‑91 (MQ=255) ttGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCt > 1:2205723/1‑91 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg < 1:262868/91‑1 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg > 1:1366848/1‑91 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg < 1:3094721/91‑1 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg > 1:3795181/1‑91 (MQ=255) tGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTg > 1:3795335/1‑91 (MQ=255) 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tctGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTg > 1:1528954/1‑91 (MQ=255) ctGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTgg > 1:424859/1‑91 (MQ=255) gTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTc > 1:1599871/1‑91 (MQ=255) cTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtt < 1:2724256/91‑1 (MQ=255) cTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATGTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtt > 1:3485959/1‑91 (MQ=255) tAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCtttt < 1:2838982/91‑1 (MQ=255) aaaCCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTa > 1:1554437/1‑91 (MQ=255) aaaCCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTa > 1:807950/1‑91 (MQ=255) aCCAAGCAATGCATGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAAt > 1:3053742/1‑91 (MQ=255) aCCAAGCAATGCATGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAAt > 1:3056632/1‑91 (MQ=255) aTGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCt < 1:1025084/91‑1 (MQ=255) agCAATGCATGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTg > 1:442412/2‑91 (MQ=255) gCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGt > 1:2777645/1‑91 (MQ=255) aTTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCCTTTTGTTCACTTTAATGAACTGTAGTTACTAAAGTAGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGttt > 1:3309071/1‑91 (MQ=255) | AGTTTTGTTGCTCTGGTTGATCTTCGTTGATATATTTGCTATTTGCTTTAGTTGCTGCGTTATCTTGAATGCTCTGTCTTAAACCATGCATTGCTTGGTTAAGCGTATTCGCATTTTGTTCAATTTGATGAACTGCAGTTACTAAAGTTGCAGCTGTAACTTGGTCTTTTAATGCTGTTT > USA300TCH1516_ALE/1476595‑1476774 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |