| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | T→A | 7.1% | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,487,340 | 0 | T | A | 7.1% | 293.2 / 10.4 | 85 | H4895L (CAT→CTT) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/31); new base A (2/4); total (50/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
TACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAG > USA300TCH1516_ALE/1487251‑1487430 | tACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATg > 1:751395/1‑91 (MQ=255) aCGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGc < 1:3520508/91‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt < 1:2040848/91‑1 (MQ=255) cGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCt > 1:1903313/1‑91 (MQ=255) gTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCtt < 1:1157145/91‑1 (MQ=255) aTGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCaa < 1:212513/91‑1 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAg < 1:2820978/91‑1 (MQ=255) tGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCAAg < 1:3395843/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt > 1:2769846/1‑91 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGt < 1:907108/91‑1 (MQ=255) gCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGAAGCATCAAGt < 1:354337/91‑1 (MQ=255) cACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGtt > 1:3746910/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 1:2550790/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt > 1:2550708/1‑91 (MQ=255) aTGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCtt < 1:850981/91‑1 (MQ=255) tGGCAGAATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCttt > 1:3220954/1‑91 (MQ=255) gCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACGCCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCGTCAAGTTGTCttttt < 1:3533873/91‑1 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 1:2007890/1‑91 (MQ=255) cAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTg > 1:3214976/1‑91 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt < 1:1509478/91‑1 (MQ=255) aGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGt > 1:2656770/1‑91 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:2973854/1‑91 (MQ=255) tATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTaa > 1:627489/1‑91 (MQ=255) ttAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATtg < 1:1869016/91‑1 (MQ=255) tAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTCTTTTAATtgt > 1:2074353/1‑91 (MQ=255) cGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGtt > 1:1193912/1‑91 (MQ=255) gTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTa > 1:1228989/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt > 1:3235077/1‑91 (MQ=255) ttACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGt < 1:819330/91‑1 (MQ=255) tACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGtt < 1:2710184/91‑1 (MQ=255) tttATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGt > 1:1393593/1‑91 (MQ=255) tATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTaa < 1:1684907/91‑1 (MQ=255) ttAACACTATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTATGTAAACCAt < 1:2086092/91‑1 (MQ=255) ttAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCAt < 1:935038/91‑1 (MQ=255) tAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATc < 1:518744/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa > 1:2448220/1‑91 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa < 1:531414/91‑1 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa > 1:4094145/1‑91 (MQ=255) aaCACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCa > 1:4093916/1‑91 (MQ=255) cacCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAAt > 1:2324209/1‑91 (MQ=255) cacCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAAt > 1:2322219/1‑91 (MQ=255) acCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATc < 1:846394/91‑1 (MQ=255) ccATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCg < 1:1845031/91‑1 (MQ=255) ttACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAtt > 1:261987/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACTATCAATCGTAttt > 1:4153169/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACTATCAATCGTAttt > 1:4153256/1‑91 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:24257/91‑1 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt < 1:24111/91‑1 (MQ=255) tACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTAttt > 1:1377978/1‑91 (MQ=255) cacCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgt > 1:997829/1‑91 (MQ=255) acCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATttgtt > 1:2991464/1‑91 (MQ=255) gCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTg < 1:4126436/91‑1 (MQ=255) gCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTg < 1:2191441/91‑1 (MQ=255) cTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGa < 1:302733/91‑1 (MQ=255) aCATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAg > 1:2227755/1‑91 (MQ=255) cATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGt > 1:1517867/1‑91 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt < 1:2533159/91‑1 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt > 1:1883515/1‑91 (MQ=255) aTTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtt < 1:1596735/91‑1 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt < 1:60802/91‑1 (MQ=255) ttttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGttt > 1:2602389/1‑91 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt > 1:3318178/1‑91 (MQ=255) tttGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGtttt < 1:2026140/91‑1 (MQ=255) gcgtTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc < 1:3338545/91‑1 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGCAGTTTTCGc > 1:3981246/1‑91 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc < 1:1131961/91‑1 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc < 1:1132643/91‑1 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc > 1:2017291/1‑91 (MQ=255) gcgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGc > 1:4109681/1‑91 (MQ=255) cgcTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCa > 1:1086570/1‑91 (MQ=255) cTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCAtt > 1:2478111/1‑91 (MQ=255) tGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTc > 1:4106767/1‑91 (MQ=255) tGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTc < 1:2001469/91‑1 (MQ=255) tGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTc > 1:2469307/1‑91 (MQ=255) gTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCt > 1:3488536/1‑91 (MQ=255) aCTTGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGt > 1:2958032/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAGCCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt > 1:3285601/1‑91 (MQ=255) cTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGtt < 1:806287/91‑1 (MQ=255) ttGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTg > 1:3802941/1‑91 (MQ=255) ttGAAGCATCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTg > 1:12637/1‑91 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc > 1:2366441/1‑91 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc > 1:2366367/1‑91 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc > 1:2827763/1‑91 (MQ=255) gATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTc > 1:2827201/1‑91 (MQ=255) aTGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCa > 1:1260447/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 1:1827009/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 1:1504682/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 1:1504452/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 1:2484294/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGCTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAg > 1:1810847/1‑91 (MQ=255) | TACGTAATGCACCCATGGCAGTATTTAACGTATTACCTTTATCTTTAACACCATTTACACCTGCTACATTTTGCGCTTGTTCAACTTGATGCTTCAAGTTGTCTTTTTGTAATTGTGTTAAGTTAGGTAAACCATCAATCGTATTTGTTGCTGAAGTTTTCGCATTTCTTAAGTTGTCAG > USA300TCH1516_ALE/1487251‑1487430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |