BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	1,502,422	C→G	6.1%	*464S (TGA→TCA)	norB_4 ←	Quinolone resistance protein NorB

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	1,502,422	0	C	G	6.1%	356.0 / 11.6	99	*464S (TGA→TCA)	norB_4	Quinolone resistance protein NorB
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/56); new base G (4/2); total (41/58)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512

   aTTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATGATa                                                                                         <  1:2638785/91‑1 (MQ=255)

    tttAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATaa                                                                                        <  1:1467423/91‑1 (MQ=255)

       aaaaTAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTg                                                                                     <  1:7941/91‑1 (MQ=255)

          ataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGt                                                                                  >  1:3080863/1‑91 (MQ=255)

          ataatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGt                                                                                  <  1:1192822/91‑1 (MQ=255)

            aatGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATGATAATTGAgaat                                                                                <  1:1555752/91‑4 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  1:3023287/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               >  1:3040311/1‑91 (MQ=255)

             atGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATc                                                                               <  1:3547542/91‑1 (MQ=255)

               gACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGt                                                                             <  1:3098207/91‑1 (MQ=255)

               atcacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGt                                                                             <  1:865143/89‑1 (MQ=255)

                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            >  1:1410522/1‑91 (MQ=255)

                acacATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtt                                                                            <  1:707697/91‑1 (MQ=255)

                 cacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGttt                                                                           >  1:1313938/1‑91 (MQ=255)

                 cacaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGttt                                                                           <  1:2625576/91‑1 (MQ=255)

                  acaTAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGtttt                                                                          >  1:1171415/1‑91 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGtt                                                                       <  1:1795081/91‑1 (MQ=255)

                     tAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGtt                                                                       <  1:1721577/91‑1 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAGTATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      <  1:3851687/91‑1 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      >  1:2439440/1‑91 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      >  1:2437729/1‑91 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      >  1:2438318/1‑91 (MQ=255)

                      aaGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGttt                                                                      >  1:2438400/1‑91 (MQ=255)

                       tgAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTa                                                                     <  1:449003/90‑1 (MQ=255)

                       aGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTa                                                                     >  1:2549060/1‑91 (MQ=255)

                         aaTCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAgg                                                                   <  1:1095606/91‑1 (MQ=255)

                          aTCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGc                                                                  <  1:1401607/91‑1 (MQ=255)

                          aTCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGc                                                                  <  1:1400773/91‑1 (MQ=255)

                            cGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCACTTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcac                                                                >  1:3393409/1‑91 (MQ=255)

                            cGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcac                                                                >  1:3135349/1‑91 (MQ=255)

                             ggtttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGcaca                                                               >  1:250830‑M2/6‑91 (MQ=255)

                              gtttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa                                                              >  1:1692528‑M2/5‑91 (MQ=255)

                              gtttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACaa                                                              <  1:4079171‑M2/87‑1 (MQ=255)

                               tttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAg                                                             >  1:4056840‑M2/4‑91 (MQ=255)

                               tttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAg                                                             <  1:2391658‑M2/88‑1 (MQ=255)

                               cttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTCGGCACAAg                                                             >  1:1967894‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                ttATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGt                                                            <  1:3214946‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                    atTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACa                                                        >  1:1337673/1‑91 (MQ=255)

                                     tttttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaa                                                       <  1:3088209/91‑1 (MQ=255)

                                     tttttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaa                                                       <  1:2428166/91‑1 (MQ=255)

                                       tttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACaaaa                                                     <  1:3920220/91‑1 (MQ=255)

                                        ttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAAt                                                    >  1:2264611/1‑91 (MQ=255)

                                        ttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAAt                                                    >  1:2805244/1‑91 (MQ=255)

                                        ttGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAAt                                                    >  1:2114370/1‑91 (MQ=255)

                                          gTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGa                                                  <  1:2182836/91‑1 (MQ=255)

                                              aaTATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAAc                                              <  1:1212363/91‑1 (MQ=255)

                                               atatTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACg                                             <  1:1651785/91‑1 (MQ=255)

                                                  ttGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAAt                                          <  1:1692495/91‑1 (MQ=255)

                                                   tGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATg                                         <  1:744639/91‑1 (MQ=255)

                                                    gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa                                        >  1:474833/1‑91 (MQ=255)

                                                    gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa                                        >  1:2465481/1‑91 (MQ=255)

                                                    gTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGa                                        >  1:2466962/1‑91 (MQ=255)

                                                     tAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGat                                       <  1:1747449/91‑1 (MQ=255)

                                                      aGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGata                                      >  1:1024675/1‑91 (MQ=255)

                                                       gCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataa                                     >  1:3697757/1‑91 (MQ=255)

                                                       gCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataa                                     >  1:764766/1‑91 (MQ=255)

                                                        cGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGGATGataat                                    <  1:3785328/91‑1 (MQ=255)

                                                         gACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataata                                   <  1:2961475/91‑1 (MQ=255)

                                                         gACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGataata                                   >  1:1474186/1‑91 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  1:3355405/91‑1 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 >  1:130194/1‑91 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  1:3993186/91‑1 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  1:2096530/91‑1 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  1:2096699/91‑1 (MQ=255)

                                                           cTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATAtt                                 <  1:3993197/91‑1 (MQ=255)

                                                             tGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTcc                               <  1:2105468/91‑1 (MQ=255)

                                                             tGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTcc                               <  1:1446337/91‑1 (MQ=255)

                                                                aTGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt                            >  1:1938893/1‑91 (MQ=255)

                                                                aTGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt                            >  1:1939051/1‑91 (MQ=255)

                                                                aTGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCAt                            >  1:3578702/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa                           >  1:2226628/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATa                           <  1:825320/91‑1 (MQ=255)

                                                                  gATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATAc                          <  1:2441729/91‑1 (MQ=255)

                                                                    tttCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCt                        <  1:289390/91‑1 (MQ=255)

                                                                       cAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCa                     <  1:3710231/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aaTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAt                    <  1:2492185/91‑1 (MQ=255)

                                                                        aaTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAt                    <  1:2124781/91‑1 (MQ=255)

                                                                         aTTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCAtt                   >  1:2417271/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTa                 <  1:1297712/91‑1 (MQ=255)

                                                                           ttAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTa                 <  1:1854659/91‑1 (MQ=255)

                                                                            tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa                <  1:3645775/91‑1 (MQ=255)

                                                                            tAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTaa                >  1:26547/1‑91 (MQ=255)

                                                                             gatactcAATTATGATAATTGAGTATCGTTTAGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCCTACCTGCATTGAAc               >  1:3740890/5‑91 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              <  1:1488250/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              <  1:1488338/91‑1 (MQ=255)

                                                                              aTTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAAcc              <  1:692120/91‑1 (MQ=255)

                                                                               ttCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCa             <  1:381181/91‑1 (MQ=255)

                                                                                actcAATTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCAt            >  1:3332632/2‑91 (MQ=255)

                                                                                 ctcAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATa           <  1:2135116/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   cAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAAt         >  1:2051924/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       >  1:868382/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     aTTATGATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       >  1:862342/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     aTTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGc       <  1:684590/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       tATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCaa     <  1:460785/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAAt    <  1:2462846/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAAt    <  1:2839838/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAAt    >  1:3422004/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         tCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATc   <  1:1514274/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          cATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCa  >  1:2512928/1‑91 (MQ=255)

                                                                                          cATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCa  >  1:377152/1‑91 (MQ=255)

TTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTTTATATTTTTGTTTAATATTGTAGCGACTTGTATGATTTCAATTTAATTCTCAATTATCATAATTGAGTATCGTTTTGTTTAGGCACAAGTAACAAAATGATAACGAATGATAATATTCCCATACCTGCATTTAACCATAATGCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1502332‑1502512

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`