| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,516,445 | A→G | 5.5% | intergenic (‑96/+5) | USA300TCH1516_01381 ← / ← gpsB | hypothetical protein/Cell cycle protein GpsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,516,445 | 0 | A | G | 5.5% | 411.1 / 10.3 | 126 | intergenic (‑96/+5) | USA300TCH1516_01381/gpsB | hypothetical protein/Cell cycle protein GpsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/39); new base G (3/4); total (83/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |