Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | T→A | 7.0% | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 ← | putative ATP‑dependent helicase DinG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,526,532 | 0 | T | A | 7.0% | 487.0 / 21.8 | 142 | K471* (AAA→TAA) | dinG_1 | putative ATP‑dependent helicase DinG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/78); new base A (4/6); total (58/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
ATTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTAATATCAGCATAACTCAACTCATTTGTCACTTGATTTAAGGCATAGTCTGGTAAGCGATGTGCTTCATCCACTATACAATCATCAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1526442‑1526622 | aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 1:2784206/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATAttt > 1:2944229/1‑91 (MQ=255) ttttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTTaa < 1:3385728/91‑1 (MQ=255) tttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAat < 1:618494/91‑1 (MQ=255) tttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAat < 1:2643712/91‑1 (MQ=255) tttCCAAAATTCGCTGCTTTTCCAGTTGATCAATTGCCTTTAACAATTTTTCATTTTCGTTTTTACCAATCAAACCAAGCTGATATTAAat < 1:2969535/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |