| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,537,428 | A→T | 10.0% | I94I (ATT→ATA) | aroB ← | 3‑dehydroquinate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,537,428 | 0 | A | T | 10.0% | 263.0 / 18.2 | 80 | I94I (ATT→ATA) | aroB | 3‑dehydroquinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/29); new base T (6/2); total (49/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
TTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTG > USA300TCH1516_ALE/1537340‑1537516 | ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat > 1:902879/1‑91 (MQ=255)ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat > 1:432376/1‑91 (MQ=255)ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat > 1:432362/1‑91 (MQ=255)ttGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCaataat > 1:1313656/1‑91 (MQ=255) tGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAattatt < 1:3940346/91‑1 (MQ=255) gCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATTATTGc < 1:2728958/91‑1 (MQ=255) gCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGc < 1:1291540/91‑1 (MQ=255) cACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCt < 1:1820042/91‑1 (MQ=255) cACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCt < 1:627671/91‑1 (MQ=255) aCTTGTATAAAGTGAACGCCACGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATTATTGCTg < 1:1771565/91‑1 (MQ=255) cTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGt < 1:395666/91‑1 (MQ=255) cTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGt > 1:3318977/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTAt < 1:399108/91‑1 (MQ=255) tGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTAt > 1:208628/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTAt < 1:390648/91‑1 (MQ=255) gTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTAtt > 1:2143190/1‑91 (MQ=255) tataAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTa < 1:3642959/91‑1 (MQ=255) aaGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAg > 1:3147447/1‑91 (MQ=255) aaGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAg > 1:3147114/1‑91 (MQ=255) aaGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAg < 1:3624999/91‑1 (MQ=255) aaGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAg > 1:1418423/1‑91 (MQ=255) aGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGt < 1:3368829/91‑1 (MQ=255) tGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTa < 1:1518806/91‑1 (MQ=255) tGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTa > 1:1286328/1‑91 (MQ=255) aCGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACat > 1:2324926/1‑91 (MQ=255) gCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatga > 1:1681272/1‑91 (MQ=255) gCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatga > 1:3709452/1‑91 (MQ=255) gCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatga > 1:3403372/1‑91 (MQ=255) ccTGGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACgtgat < 1:3271631/91‑1 (MQ=255) ccTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatgat < 1:1391526/91‑1 (MQ=255) cTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACatgatg > 1:3618138/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATggg > 1:3243622/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATggg > 1:2134892/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGa > 1:1226376/1‑91 (MQ=255) gTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGa > 1:1962478/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGAt > 1:3942722/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGAt < 1:1070543/91‑1 (MQ=255) aGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATaaaa > 1:3958814/1‑91 (MQ=255) gtgtCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAat > 1:2204812/1‑91 (MQ=255) tgtCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAata > 1:1765317/1‑91 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:1011705/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:1479353/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:1479491/91‑1 (MQ=255) gccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATAct < 1:2518316/91‑1 (MQ=255) ccgcAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATActc < 1:2668752/91‑1 (MQ=255) cAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTaa > 1:3326838/1‑91 (MQ=255) 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caccaccaACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGt > 1:2694015/1‑91 (MQ=255) accaccaACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTc > 1:3351522/1‑91 (MQ=255) accaccaACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTc < 1:2334739/91‑1 (MQ=255) aaCAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCa > 1:367063/1‑91 (MQ=255) aaCAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCa < 1:4044033/91‑1 (MQ=255) aCAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCAc < 1:638903/91‑1 (MQ=255) cAGCAATTATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCAcc > 1:2815596/1‑91 (MQ=255) cAGCAATTATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATAGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCAcc > 1:3861538/1‑91 (MQ=255) 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TTGGCACTTGTATAAAGTGAACGCCTCGTAAAAGTGTCGCCGCAATAAACCCAGCAAAATCACCAGTTGCACCACCACCAACAGCAATAATTGCTGTATTACGAGTTACATGATGGGATAAAATATACTCTAATGTTTCTTGATATTGCTCAAATGTTTTCGTCTTTTCACCAGCTG > USA300TCH1516_ALE/1537340‑1537516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |