| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,582,474 | G→A | 9.3% | H107H (CAC→CAT) | clpP1 ← | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,582,474 | 0 | G | A | 9.3% | 330.7 / 18.4 | 107 | H107H (CAC→CAT) | clpP1 | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/51); new base A (3/7); total (49/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTTTTCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATAAAAATAGTGTCACCACTCATAGCGATAACACTAGCAATTGATGCCGCTAAGGCATCGACATAGATATTAATTTTTGCAGGATG > USA300TCH1516_ALE/1582384‑1582563 | tttttCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTtg < 1:525560/91‑1 (MQ=255) tttCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTtgtg < 1:1804872/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGc < 1:3380807/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGc < 1:3897688/91‑1 (MQ=255) tCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCa < 1:3355085/91‑1 (MQ=255) tCAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCa > 1:3631980/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |